استفاده از مدل سازی یکی از روش های غیر مستقیم مطالعه منابع آب زیرزمینی است که با توجه به کارآیی بالا و هزینه کمتر نسبت به روش های دیگر، امروزه بسیار مورد توجه قرار گرفته است. مدل کمّی آب های زیرزمینی دشت عقیلی به وسعت 41/142 کیلومتر مربع واقع در شمال شرق شهرستان شوشتر نیز به همین منظور تهیه گردیده است. اهداف اصلی تهیه مدل آب های زیرزمینی دشت عقیلی، شامل درک کمّی جریان آب های زیرزمینی و مو لفه های گوناگون بیلان دشت است که فرایند بهینه تصمیم گیری مدیریت آبخوان براساس آن ها خواهد بود. در این تحقیق آبخوان دشت عقیلی توسط روش عددی تفاضلات محدود به وسیله نرم افزار gms6.5 شبیه سازی گردید. gms یک محیط مدل سازی است، که شامل یک انترفاز گرافیکی و تعدادی کدهای تحلیلی مختلف شامل modflow، modpath و غیره می باشد. modflow یک ماژولار سه بعدی مدل جریان آب زیرزمینی تفاضلات محدود است که توسط سازمان زمین شناسی ایالت متحده(usgs) تهیه شده است. پس از انتخاب بسته نرم افزاری مناسب اقدام به تهیه مدل مفهومی در ماژول نقشه گردید. بعد از تکمیل مدل مفهومی در ماژول نقشه، مدل مفهومی به مدل عددی در ماژول سه بعدی شبکه تبدیل گردید. این کار شامل قرار دادن یک شبکه بر روی مدل مفهومی و سپس تبدیل کردن آن به یک مدل بر پایه شبکه می باشد. ابتدا مدل جریان آب زیرزمینی در حالت ماندگار برای یک ماه اجرا و کالیبره گردید. سپس مدل از مهر 1385 تا شهریور 1386 در حالت ناماندگار طی 12 دوره تنش کالیبره و پس از بهینه سازی پارامترهای هیدروژئولوژیکی (مدلسازی معکوس)، مدل برای دوره زمانی از مهر 1386 تا خرداد 1387 صحت سنجی شد. پس از واسنجی و صحت سنجی، مدل توانست به خوبی شرایط آبخوان را شبیه سازی نماید. نهایتاً سناریوهای مختلف مدیریتی برای دشت در نظر گرفته شد و واکنش آبخوان در مقابل آن ها شبیه سازی گردید.