مرکبات یکی از مهمترین محصولات باغی در مناطق گرمسیر و نیمه گرمسیر جهان به شمار می آید. صنایع بسیاری در ایران به عنوان یکی از کشورهای تولید کننده مرکبات، وابسته به این محصول می-باشند. شانکر باکتریایی مرکبات ناشی از xanthomonas citri subsp. citri یکی از مهمترین بیماری-های این محصول است که سالانه خسارت زیادی را به انواع ارقام تجاری مرکبات در سراسر دنیا وارد می سازد. سه استرین aw, a* و a در زیرگونه x.c. subsp. citri قرار دارند. در این تحقیق 25 استرین xcc از درختان لیموترش آلوده از استان های کرمان، فارس، هرمزگان و سیستان و بلوچستان به علاوه یک جدایه از کشور فیلیپین جداسازی شدند. استرین های یاد شده بر اساس ویژگی های بیوشیمیایی و تکثیر قطعه dna مورد انتظار به اندازه 581 جفت باز به کمک آغازگرهای اختصاصی xac01 و xac02 شناسایی شدند. سپس تنوع استرین های xcc براساس دامنه میزبانی، الگوی پروتئین محلول سلولی و الگوی حاصل از دو نشانگر rep-pcr و rapd بررسی شد. با بررسی ویژگی های بیوشیمیایی، تمام استرین ها به عنوان xcc شناسایی و همگی در یک گروه قرار گرفتند. براساس الگوی پروتئین محلول سلولی با استفاده از روش sds-page، تفاوت قابل ملاحظه ای در میان استرین ها مشاهده نگردید. براساس تعیین دامنه میزبانی، استرین ها به دو گروه تقسیم شدند. گروه اول بر روی ارقام لیموترش (citrus aurantifolia) نارنج (c. aurantium) سیتروملو (poncirus trifoliata × c. paradisi) و سیترنج(c. sinensis × p. trifoliata) بیماریزا بوده درحالیکه گروه دوم صرفا بر روی لیموترش بیماریزا بودند. بررسی تنوع ژنتیکی استرین های xcc با نشانگر rep-pcr با چهار آغازگر box a1r, eric 1r, eric 2 و rep 1r و نشانگر rapd، با استفاده از پنج آغازگر211, 220, 230, 232 و opa11 انتخاب شده از بین 33 آغازگر مورد آزمون که دارای بالاترین چندشکلی و قابلیت تکرار پذیری بودند، انجام شد. همچنین از آغازگر is50 نیز جهت بررسی تنوع ژنتیکی استرین ها استفاده شد ولی نتایج حاصل از این آغازگر به علت پلی مورفیسم پایین و تولید تعداد معدودی باند، مورد توجه قرار نگرفت. بیشترین چندشکلی در میان استرین ها با استفاده از دو آغازگر eric 1r و 232 مشاهده گردید که به ترتیب دارای 71/4 و 75 درصد چندشکلی بودند. براساس ترکیب داده های حاصل از آغازگرهای مختلف دو نشانگر rapd و rep-pcr استرین های xcc به ترتیب در سه و چهار گروه متمایز قرار گرفتند و نیکویی برازش خوشه بندی هر دو نشانگر در سطح بسیار خوب حاصل شد. میانگین شاخص نشانگری آغازگرهای rep-pcr بیشتر از نشانگر rapd بود، در نتیجه این نشانگر دارای توانایی بالاتری جهت بررسی تنوع ژنتیکی استرین های xcc می باشد. از آنجاییکه استرین های استان سیستان و بلوچستان براساس انگشت نگاری حاصل از همه آغازگرها در یک گروه مجزا قرار گرفتند، به نظر می رسد منشأ این استرین ها با استرین های جدا شده از سایر نقاط کشور متفاوت باشد. با توجه به نتایج حاصل از این تحقیق، تمام استرین های جمع آوری شده از جنوب ایران در گروه استرین های غیرمعمول آسیایی (a*) قرار گرفتند که از لحاظ قدرت بیماریزایی متفاوت می باشند.