ماهی آزاد دریای خزر (salmo trutta caspius) از نظر تولید مثلی دارای دو فرم مهاجر بهاره و پاییزه می باشد. به دلیل آنکه فعالیت های مرکز بازسازی ذخایر شهید باهنر کلاردشت تنها محدود به تکثیر و رهاسازی انواع پاییزه بوده است، نسبت ماهیان مهاجر پاییزه نسبت به بهاره افزایش یافته است. با توجه به عدم شناخت ساختار و تفاوتهای ژنتیکی احتمالی در ماهیان مذکور در این پژوهش تلاش گردید تا با استفاده از5 جایگاه ریزماهواره، ساختار ژنتیکی این ماهیان مقایسه شود، لذا با جمع آوری 42 نمونه ماهیان پاییزه در سال 1386 و 21 نمونه ماهیان بهاره در سال 1387 تحقیق حاضر انجام شد . نتایج بررسی موید آن است که بیشترین فراوانی اللی در ماهیان مهاجر پاییزه مشاهده شد، متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار ماهیان مهاجر پاییزه و بهاره به ترتیب، 6108/0، 7719/0 و 4435/0، 5911/0 می باشد. به غیر از جایگاه strutta543inra در ماهیان مهاجر بهاره هر دو گروه دارای انحراف از تعادل هاردی واینبرگ بودند. هم چنین در هر دو گروه به غیر از جایگاه strutta543inra در فرم بهاره، میزان هتروزیگوسیتی مورد انتظار از هتروزیگوسیتی مشاهده شده، بیشتر بوده است، فاصله ژنتیکی بین دو جمعیت 081/0 بود که بیانگر تفاوت ژنتیکی ناچیزی بین جمعیت های مورد مطالعه می باشد. میزان fst به عنوان شاخص جدایی جمعیت ها 025/0 بود که نشان داد اختلاف ژنتیکی دو فرم مهاجر معنی دار است (p<0.01). نتایج نهایی موید آن است که، 5 جایگاه ریزماهواره مورد استفاده تفاوت ژنتیکی اندکی رابین ماهیان مهاجر پاییزه و بهاره نشان داد.