نام پژوهشگر: شیرین قربانی

جستجو ژن رمز گذار اینترونی آنزیمreverse transcriptase مقاوم به گرما (موسوم به (trt gene از سویه بومیbacillus و همسانه سازی آن در e.coli
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه الزهراء - دانشکده علوم پایه 1390
  فهیمه عرفانی تبار   شیرین قربانی

باکتری ها کارخانه های بی همتای بیولوژیک در تولید محصولات زیست فناوری هستند ویژگی-هایی نظیر تحمل شرایط خاص رشد و تولید آنزیم های مختلف، باکتریها را برای بهره برداری مورد توجه قرار داده است. عده ای از باکتری ها واجد عوامل ژنتیکی با قابلیت جابه جایی هستند. نظیر اینترون های گروه ii که سه آنزیم با ارزش وارونوشتاز , ( reverse transcriptase) اندونوکلئاز ,(endonuclease) مچوراز (maturase) رارمز می کنند. ژن trt، آنزیم وارونوشتاز مقاوم به حرارت در سویه geobacillus stearothermophilus strain 10 را رمز می کند محصول آن با قدرت تحمل دما تا 75 درجه سانتیگراد کاربرد زیادی در rt pcr و ساخت کتابخانه های ژنومی cdna دارد. هدف از مطالعه شناسایی سویه های geobacillus بومی دارای ژن rt می باشد. در این جهت ابتدا پرایمرهای طراحی شده در این بررسی برای شناسایی ژن استفاده شد. غربال گری اولیه از مجموعه ی باکتری های بومی برای شناسایی ژن trt نتیجه ای در بر نداشت بنابراین در این مرحله سویه ی geobacillus stearothermophilus ptcc 1713 برای شناسایی ژن مورد نظر و سویه geobacillus stearothermophilus strain 10 به عنوان کنترل مثبت با pcr مورد بررسی قرارگرفت که نتیجه ی آن تولید دو قطعه dna با اندازه-هایی مشابه قطعه ی مورد نظر و شباهت نتایج برای هر دو باکتری بومی و استاندارد بود. همسانه سازی هر دوقطعه در حامل های ptz 57 r و pet 28 a انجام شد و بعد تعیین توالی جهت تعیین هویت قطعات همسانه سازی شده انجام شد. اطلاعات حاصل از تعیین توالی همسانه ها نشان داد با وجود اینکه شباهت توالی نوکلئوتیدی با ژن trt زیاد نبود اما در یکی از قطعات بخشی از توالی همسانه سازی شده با یک وارونوشتاز از گیاه zingiber بیش از 97% شباهت وجود داشت پیامد های این یافته می تواند در راستای پیگیری تنوع بالا در ژن های رمز گذار rt و بیان گرفتن از ژن رمز گذار و همچنین بررسی فعالیت آنزیمی آن قابل توجه باشد. کلمات کلیدی: geobacillus stearothermophilus ، ژن اینترونی رمزگذار آنزیم وارونوشتاز trt، همسانه سازی

تعیین برخی خصوصیات سرولوژیکی و مولکولی جدایه های ویروس موزاییک معمولی لوبیا (bcmv) دراستان خراسان رضوی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه الزهراء - دانشکده علوم پایه 1392
  مریم سید موسوی   نوح شهرآیین

در بین عوامل ویروسی متعددی که باعث بروز علایم موزاییک و ایجاد خسارت در گیاه لوبیا چیتی (phaseolus vulgaris l. ) میشوند، دو ویروس موزاییک معمولی لوبیا bcmv و ویروس موزاییک نکروتیک لوبیا bcmnv اهمیت ویژه ای دارند .در این تحقیق به منظور ردیابی ویروس bcmvو تعیین برخی خصوصیات سرولوژیک و مولکولی آن، در فصل زراعی 91-1390 نمونه هایی با علایم موزاییک ، رگبرگ روشنی ، برگشتگی ، نکروتیک برگ و ساقه لوبیا از سطح شهرستان نیشابور و از مناطق محمود آباد، اسلام آباد، فتح آباد، کاریزک و جوری جمع آوری گردید. برای ردیابی این ویروس در ابتدا نمونه ها با روشهای سرولوژیکdas-elisa و لکه گذاری بافتی (tissue-blot) با آنتی سرم های چند همسانه ای اختصاصی مورد سنجش و ردیابی قرار گرفتند. . با استفاده ار بافر فسفات 1% (ph=7.4)، تعدادی از نمونه های آلوده بر روی گیاهان محک لوبیا مایه زنی مکانیکی گردید و برای مطالعات بعدی در شرایط گلخانه تکثیر گردید سپس جهت تأیید و بررسی دقیق تر ، نمونه های انتخابی آلوده در الایزا با آزمون rt-pcr و ic-rt-pcr مورد ارزیابی قرار گرفتند cdna بدست آمده در دستگاه ترموسایکلر تکثیر گردید. محصول حاصل در ژل آگاروز 1%. به اندازه تقریبی 373 جفت باز از سکانس منطقه ای از ژن پروتئین پوششی ویروس مورد نظر برای ویروس موزاییک معمولی لوبیا مشاهده گردید. و بر این اساس ویروس bcmv ازگیاهان لوبیای آلوده از سطح شهرستان نیشابور و از مناطق محمود آباد، اسلام آباد، فتح آباد، کاریزک و جوری شناسایی و تفکیک گردید. در این تحقیق نشان داده شده که تکنیک ic-rt-pcr برای شناسایی و تشخیص این ویروس از حساسیت بالایی نسبت به روش الایزا برخوردار است. با مطالعه درختچه تبارزایی دو گروه a و b و با مقایسه(تعیین توالی) 12 جدایه ایرانی با 18 جدایه خارجی مشخص گردید که در این بین جدایه های ایرانی با تشکیل 3 زیر گروه بیشترین قرابت را با جدایه های مکزیکو با درصد تشابه 3/99 درصد دارا بودند، که این نتایج نشان دهنده تنوع در میان جدایه های ایرانی ویروس می باشد. از نقطه نظر مدیریت کنترل بیماری این نتایج در بررسی و انتخاب ارقام مقاوم لوبیای مقاوم یا متحمل به ویروس و نژادها ی وابسته حائز اهمیت ویژه-ای می باشد.

بهینه سازی شرایط تولید باکتری سینوریزوبیوم ملیلوتی در گیاه یونجه در منطقه کرج
thesis 0 1381
  احترام سادات رحیمی   شیرین قربانی

دراین پژوهش ، تعداد 22 ایزوله ریزوبیومی ، از گرهکهای تشکیل شده روی ریشه گیاه یونجه ‏‎medicago sativa‎‏ از کرج و مناطق اطراف آن جدا ، کشت و خالص گردید.

بررسی عوامل رئو ویروسی اسهال و استفراغ کودکان در بیمارستان های تهران
thesis 0 1380
  عفت حبیبی   شیرین قربانی

در بررسی حاضر، 180 نمونه مدفوع از اطفال و نوزادان با اسهال و استفراغ شدید از دو بیمارستان کودکان در تهران از دی ماه 1378 تا دی ماه 1379 جمع آوری شد که مورد بررسی با دو روش الایزا ‏‎(elisa)‎‏ قرار گرفت. اسهال روتاویروسی بیشترین فراوانی را در اطفال زیر 3 سال داشت. ماکزیمم شیوع آلودگی در ماههای سرد سال تعیین شد. عفونت گروه ‏‎a‎‏ روتاویروس در 66 نمونه تشخیص داده شد (37%). بررسیهای تعیین تیپ سرمی نمونه های ویروسی با استفاده از آنتی بادیهای مونوکلونال و مطالعات سرولوژیک انجام شد. با استفاده از آزمایش انتشار دو طرفه در آگارکه در زمان کوتاهی واکنش می دهد و نیز آزمایشات الایزا ‏‎(elisa)‎‏ ثابت شد ‏‎‎‏که سورتیپ های ‏‎g1‎‏و ‏‎g4‎‏شایعترین تیپ های سرمی در حال گردش در بین اطفال و نوزادان آلوده در تهران می باشد. توسط مطالعات میکروسکپ الکترونی، ویژگی های پیکره های روتاویروسی در نمونه های مدفوعی مشاهده شد. در مطالعات سرلوژی با میکروسکپ الکترونی با استفاده از تکنیکهای بدام اندازی و دکوراسیون نیز تائید شد که سروتیپ های ‏‎g1‎‏و ‏‎‏‎g4‎‏ مهمترین سروتیپ های شایع در بین اطفال در تهران هستند. برای کشت جدایه های ویروسی، تیره سلولی ‏‎ma104‎‏ از کلیه میمون رزوس با جدایه های روتاویروسی ‏‎es1-79‎‏ و ‏‎hgi-79‎‏ آلوده شد. در ‏‎33c‎، جدایه های ویروسی بطور مناسبی سلولهای میزبان را آلوده کردند. اثرات بیماریزایی در سلول ‏‎(cpe)‎‏ در همان دما پس از 24 ساعت از تلقیح، قابل رویت بود. به منظور خالص سازی پیکرهای ویروسی، میان گریز با شیب چگالی بر روی ستون کلرید سزیم ‏‎(csci)‎‏ به کار رفت. نمونه های ویروسی خالص شده با میکروسکپ الکترونی و آزمایشات سرولوژیک بررسی شدند.