در تحقیق حاضر صفات تولید شیر و درصد مواد جامد بدون چربی شیر با مدل های تابعیت ثابت و تصادفی با استفاده از نرم افزار wombat مورد تجزیه و تحلیل ژنتیکی قرار گرفتند. داده های مورد استفاده در این پژوهش به ترتیب شامل 1124 و 1094 رکورد روزآزمون برای تولید شیر و درصد مواد جامد بدون چربی شیر از 250 رأس میش از ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند کردی شیروان بود که از اردیبهشت تا مرداد ماه سال 1391 جمع آوری شده بودند. در هر دو مدل، اثرات ثابت تعداد بره ها در هر زایش، شکم زایش، ماه رکوردگیری و متغیر کمکی روزهای شیردهی برای هر دو صفت و همچنین اثرات تصادفی ژنتیکی افزایشی و محیط دائمی گنجانده شدند. در مدل تابعیت تصادفی چند جمله ای های متعامد لژاندر به ترتیب با درجه برازش3 و 2 برای محیط دائمی و ژنتیکی افزایشی در صفت تولید شیر و درجه برازش 2 برای محیط دائمی و ژنتیکی افزایشی در صفت درصد مواد جامد بدون چربی شیر برازش داده شدند. میانگین تولید شیر و درصد مواد جامد بدون چربی شیر به ترتیب 0/380 و 11/83 برآورد شد. میانگین وراثت پذیری برای صفات تولید شیر و درصد مواد جامد بدون چربی شیر به ترتیب 0/04 و 0/06 در تابعیت ثابت و 0/07 و 0/13 در تابعیت تصادفی برآورد شد. به منظور تعیین چند شکلی ژن پرولاکتین در اینترون 2 و ارتباط آن با صفات فوق از 100 راس میش از میش های رکوردگیری شده بطور تصادفی خونگیری شد. 23 جفت باز ایندل (حذف – اضافه) در ژن پرولاکتین شناسایی گردید. هیچ رابطه معنی داری بین ژن پرولاکتین و صفات فوق مشاهده نشد. بر اساس تحقیق حاضر مدل تابعیت تصادفی برای آنالیز ژنتیکی صفات تولید و درصد مواد جامد بدون چربی شیر در میش کردی شیروان مناسب بود.