تعقیب مقامات عمومی یکی از چالش های مهم نظام کیفری است که قانونگذار ایرانی بدون توجه به ویژگیهای مختلفی که اشخاص را از یکدیگر متمایز مینماید اصل تساوی افراد در مقابل قانون را منبع سایر قوانین کیفری قرار داده و به استناد همان اصل از تجویز صریح دادرسی افتراقی برای مقامات عمومی پرهیز نموده ولی در عین حال در قانون اساسی چندین فقره از جلوه های دادرسی افتراقی از جمله مبحث مصونیتها اعم از مصونیت نمایندگان مجلس شورای اسلامی، و یا دادرسی افتراقی برای تعقیب رئیس جمهور، وزرا و یا نظامیان را به صورت مستقیم یا غیر مستقیم مورد پذیرش قرار داده و طی سالهای بعد نیز با قبول ویژگیهای خاص افتراقی برای تعقیب این اشخاص مانند قضات به این مسئله دامن زده است. این مسئله جایی اهمیت خود را بیشتر نشان می دهد که در چند سال گذشته موضوع تعقیب مقامات مهمی همچون رئیس جمهور، وزرا و یا نظامیان بلند پایه در کشور با واکنش های مختلف و متفاوتی مواجه شده و مشکلات ایجاد شده برای دستگاه های دخیل در موضوع بر لزوم تعیین تکلیف آن تاکید می نماید. بر همین اساس نمی توان مدعی شد چون همه اشخاص در قانون اساسی با یکدیگر مساوی هستند مراحل یکسانی را هم بایستی برای تعقیب آنها طی کرد.نظام کیفری ایران در صدد است رسیدگی به اتهام مقامات خاصی همچون مقام قضایی، استانداران و فرمانداران مراکز استان را به جهت جلوگیری از ایجاد دولت بازپرس ها در مرکز مورد رسیدگی قرار دهد ولی در واقع بخش اصلی دادرسی افتراقی که مراحل تحقیقات ابتدایی و مقدماتی است به شیوه ای روشن و صحیح دسته بندی و تفکیک نگردیده و در حقیقت به استثناء برخی مقامات (قضات) برای دیگر مقامات عمومی کشور ارزش خاص یا ویژگی متناسب با لوازم رعایت حقوق عمومی را لحاظ نکرده است.