درخت نارنج در اکثر مناطق مرکبات خیز دنیا به دلیل ویژگی های خوب زراعی به خصوص عملکرد میوه، کیفیت، سادگی و مقاومت به پاتوژن های مختلف و تنش های غیرزیستی سالهاست به عنوان پایه مادری مورد استفاده قرار می گیرد. امروزه استفاده از ترانسفورماسیون مرکبات ابزاری با اهمیت در اصلاح این گیاهان تلقی می شود. ریز نمونه ها جهت تولید شاخساره ی تراریخته، اپی کوتیل وهیپوکوتیل گیاهان نارنج بوده است که به مدت 4 هفته درتاریکی و10روزدر روشنایی رشد کرده بودند. باکتری مورد استفاده در ترانسفورماسیون agrobacterium tumefaciens نژاد eha 105 بوده است که حامل وکتور خاموشی pfgc5941 ،ژن کدکننده پوشش پروتئینی ویروس تریستیزای مرکبات(ctv)، ژن های انتخابی مقاومت به کانامایسین درخارج از ناحیه t-dna برای انتخاب باکتری های تراریخت و مقاومت به علف کش بستا درناحیه t-dna بوده ا ست. تراریزش از طریق همکشتی ریزنمونه هابه مدت 3روز با agrobacterium tumefaciensانجام شد.پس از تراریزش، ریزنمونه ها به محیط کشت انتخابی حاوی علفکش بستا با ترکیبی از تنظیم کننده های رشد 2 میلی گرم در لیتر bap و25/0 میلی گرم در لیتر naa منتقل شدند. تأیید اولیه گیاهان ترانس ژنیک با بررسی مقاومت گیاهچه ها به علفکش انجام شد .شاخساره های رشد یافته در محیط حاوی علفکش بستا وگیاهان سازگار شده به شرایط گلخانه برای این کارانتخاب شدند. مقاومت به علفکش بستا در محیط ms مایع با غلظت های متفاوت علفکش بستا انجام شد. واکنش pcr با آغازگرهای مربوط به ژن ctv، bar وreal-time برای محاسبه بیان ژن وتعداد کپی ژن ctv وتست الایزا انجام شد. نتایج به این صورت بود که گیاهانی که به علفکش مقاومت نشان داده بودند ،ابتدادر pcr ژن bar و ctv جواب مثبت دادند. سپس در real-time بیان ژن ctv ورودی وتعدادکپی های آن مشخص شد.

ویروس های گیاهی پارازیت های اجباری محسوب می شوند و گیاهان در مقابله با آلودگی به ویروس از فرآیندهای دفاعی مختلفی استفاده می کنند. ویروس موزائیک گوجه فرنگی (tomv) متعلق به جنس توباموویروس با روش مکانیکی به گیاهان محک و ژنوتیپ های مورد بررسی آرابیدوپسیس منتقل شد. در این پژوهش از موتانت های مختلف آرابیدوپسیس (ler-0، old101 و ron1-1) که دارای جهش های مختلفی در ژن fry1 هستند استفاده گردید. جهش نقطه ای old101 در اگزون شماره دو و نیز ron1-1 در ابتدای اگزون شماره پنج ژن fry1 که منجر به جایگزینی اسیدآمینه g به a شد. پس از آلودگی گیاهان به ویروس، بروز علائم ویروسی، صفات فیزیولوژکی (میزان کلروفیل، نشت یونی، رنگ آمیزی dab، میزان فعالیت آنزیم های دفاعی) و هم چنین بیان ژن های دفاعی اندازه گیری شد. از نظر بروز علائم ویروسی یعنی بد شکلی برگ و پیچیدگی برگ ( برگ قاشقی ) در گیاه مادری و گیاه موتانت آرابیدوپسیس تالیانا تفاوت معنی داری مشاهده نشد؛ ولی زمانی که علائم برگ قاشقی و برگ لوله ای در ژنوتیپ ها بررسی شد تفاوت معناداری را بروز دادند. غلظت کلروفیل در برگ گیاه ler-0 به طور معنی داری بیشتر از گیاه موتانت old101 و ron1-1 بود. میزان آزادسازی یون (نشت یونی) در ژنوتیپ ron1-1 به طور معنی داری بیشتر و تفاوت معنی داری با دو ژنوتیپ دیگر نشان داد. برای بررسی میزان ros در بافت های آلوده به ویروس موزائیک گوجه فرنگی از ماده رنگ آمیزی dab که یک ماده قهوه ای رنگی تولید می کند، استفاده شد. با توجه به نتایج به‎دست آمده سطح تولید رادیکال های اکسیژن فعال در گیاه مادری ler-0 بیشتر از گیاه موتانت ron1-1 بود. گیاهان از آنتی اکسیدان ها برای کاهش ros استفاده می کنند. در بین آنزیم ها، فعالیت آنزیم های پراکسیداز و گلوتاتیون اس-ترانسفراز در ژنوتیپ های مورد بررسی تفاوت معناداری را نشان داد. بیان نسبی ژن defl در گیاهان موتانت ron1-1 و old101 بیشتر از گیاه مادری ler-0 نشان داده شد. نتایج به دست آمده از بیان ژن نشان داد که بیان ژن defl در گیاهان موتانت ron1-1 بیشترین مقدار و در old101 نسبت به ler-0 بیشتر بوده است. میزان نسبی بیان ژن gst1 در موتانت old101 نسبت به دو ژنوتیپ دیگر بیشترین حد و در گیاه مادری ler-0 کمترین مقدار بود.

یکی از موانع عمده بر سر راه ازدیاد موفق گیاهان موانع ریشه زایی است. ریشه زایی در شاخساره های تراریخت مرحله ی بسیار مهمی در تولید گیاه تراریخته محسوب می شود که به معضل بزرگی در روش های ترانسفورماسیون مبتنی بر کشت بافت تبدیل شده است. در این پژوهش به بررسی اثر سویه های 15834، 9534 و 318 اگروباکتریوم رایزوژنز و همچنین غلظت های مختلف تنظیم کننده ی رشد naa (صفر، 5/0، 1 و 2 میلی گرم درلیتر) بر ریشه زایی شاخساره های تراریخته و غیر تراریخته نارنج پرداختیم. برای تولید شاخساره های تراریخت، ریزنمونه های اپی کوتیل و هیپوکوتیل با agrobacterium tumefaciens سویه ی eha105 حامل وکتور pfgc5941 و ژن کد کننده ی پوشش پروتئینی ویروس تریستزای مرکبات (ctv) تلقیح شدند. باززایی ریزنمونه های تراریخته، با استفاده از غلظت های مختلف (صفر، 0/5، 1 و 2 میلی گرم در لیتر) هورمون kinetin و iaa، همچنین ترکیب این هورمون ها انجام شد. در بخش باززایی ریزنمونه های غیر تراریخت تیمار mg/l 0/5 kinetin و همچنین تیمارهای ترکیبی mg/l 0/5 kinetin- mg/l 2 iaa و mg/l 1 kientin- mg/l 0/5 iaa، به ترتیب با 10/33، 8/66 و 8/33 جوانه در هر تکرار، بیشترین باززایی را داشتند. در مرحله باززایی ریزنمونه های تراریخت تیمار mg/l 5/0 kinetin و همچنین تیمارهای ترکیبی mg/l 1 kinetin-mg/l 0/5 iaa و mg/l 0/5 kinetin-mg/l 0/5 iaa، به ترتیب با 53، 53 و 40 درصد باززایی، بیشترین میزان را از خود نشان دادند. در بخش ریشه زایی شاخساره های غیر تراریخت تیمارهای 318، 15834 و l mg/l 5/0 naa به ترتیب 89، 79 و 66 درصد ریشه زایی، بیشترین القای ریشه را داشتند. در بخش ریشه زایی شاخساره های تراریخته، تیمارهای 15834 و 318 به ترتیب با 56 و 44 درصد ریشه زایی، بیشترین القای ریشه را از خود نشان دادند که نسبت به شاخساره های غیر تراریخت به ترتیب 23 و 45 درصد کاهش را نشان داد.