با پیشرفت روزافزون علوم طبیعی و علوم انسانی، مسئله چگونگی مواجهه دین با این علوم مطرح می¬شود. در اثبات، نفی و انکار رابطه علم و دین و علم دینی، دیدگاه-ها مختلف است. با توجه به اهتمام ویژه حضرت علامه مصباح یزدی به علوم انسانی اسلامی و ویژگی خاص دیدگاه ایشان در پرداختن به مبانی فلسفی علوم انسانی و علم دینی، تحقیق پیش¬رو با بکارگیری روش تحلیلی و توصیفی به بررسی نظریات حضرت استاد در رابطه با علم دینی و مبانی معرفت شناختی و روش شناختی آن -پرداخته و از منظر ایشان، به برخی ابهامات پاسخ می¬دهد. از دیدگاه ایشان، دین وظیفه¬ای در قبال کشف روابط علّی میان پدیده ها ندارد. آنچه برای دین ضرورت دارد، شناخت و بیان تأثیر پدیده ها در سعادت و شقاوت انسان است. این امر در بسیاری موارد با عمل اختیاری انسان در ارتباط است. با توجه به بررسی کنش¬های ارادی و آگاهانه انسانی و احکام، آثار و پیامدهای آن در علوم انسانی، علم دینی در گستره علوم انسانی اسلامی محقق خواهد بود. از دیدگاه علامه مصباح، آنچه به علوم انسانی موجود، صبغه الحادی می¬دهد، مبانی فلسفی و بخصوص مبانی معرفت¬شناختی است. اثبات امکان علم به واقع، بررسی موانع معرفت صحیح، رد مبانی تجربه گرایی و لزوم یقین معرفت شناختی در استناد نتایج بدست آمده به دین، از ویژگی¬های دیدگاه حضرت استاد است. در علم دینی روش و منبع، شرط نیست. بلکه نظریه¬های بدست آمده از وحی، عقل و... باید در راستای کمال حقیقی انسان در حوزه باورها و ارزش¬ها و با متدولوژی صحیح –روش فقاهتی- باشد. در این نظریه، "مراجعه به وحی"، یک روش در گردآوری و تولید نظریه¬های علمی بوده، ارزش معرفتی یقین حاصل از آن، کمتر از معرفت¬های یقینی دیگر نیست.