در این مطالعه تنوع ژنتیکی چهار جمعیت بومی شمال کشور شامل ماری، زرد، روغنی و شنگه با استفاده از 27 صفت مورفولوژی، نوزده آغازگر issr، شش آغازگر ssr و سه آغازگر رتروترانسپوزون مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از تجزیه واریانس صفات مورفولوژی، اختلاف معنی دار بین اکثر صفات را نشان داد. بررسی روابط بین صفات مختلف، همبستگی نسبتاً بالایی بین صفات کمی مثل صفات میزان گوشت میوه، وزن میوه، شاخص شکل میوه و شاخص شکل هسته نشان داد. در حالیکه همبستگی بین صفات کیفی پایین بود. نتایج حاصل از تجزیه به عامل ها، صفات را در سه عامل با 93/91 درصد واریانس توجیهی دسته بندی نمود. نمودار دو بعدی حاصل از دو عامل اصلی توانست تفکیک نسبتاً خوبی از ارقام به دست دهد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای صفات مورفولوژی شش گروه مجزا به دست داد که رقم ماری سه خوشه نزدیک به هم و رقم زرد نیز یکنواختی بالایی نشان داد. رقم شنگه دارای بیشترین میزان تنوع و پراکندگی بود. همبستگی بین صفات کمی با صفت درصد روغن میوه در 51 فرد، همبستگی معنی داری بین صفات مربوط به برگ با صفت درصد روغن نشان نداد. بیشترین اثر مستقیم را صفات طول میوه، و شاخص شکل میوه داشتند. در نهایت 11 آغازگر issr و هر شش آغازگر ssr توانستند 92 باند چند شکل تولید کنند. در حالیکه هیچ یک از آغازگرهای رتروترانسپوزونی نتوانستند الگوی باندی واضحی تولید کنند. از میان آغازگرهای issr، آغازگرهای ubc 808، ubc 810، ubc 822 و ubc 825 با 10 باند و از بین آغازگرهای ssr، آغازگرهای dca-3 و udo99-014 با چهار باند بیشترین تعداد باند را تولید کردند. محتوای اطلاعات چند شکل در آغازگرهای issr بین 31/0 تا 46/0 و در آغازگرهای ssr بین 47/0 تا 75/0 متغیر بود. تجزیه خوشه ای به روش دورترین همسایه ها، 88 فردی که مورد ارزیابی مولکولی قرار گرفته بودند را در پنج گروه قرار داد. صحت گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای توسط تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر با 8/89 درصد تأیید شد. نتایج تجزیه واریانس مولکولی تنوع ژنتیکی بالای درون رقم نسبت به تنوع ژنتیکی بین رقم را نشان داد.