بادرنجبویه (mellissa officinalis l.) یکی از گیاهان دارویی مهم دنیا بوده که به دلیل دارا بودن ترکیب های معطر خاص موجود در اسانس آن، در صنایع دارویی و غذایی کاربرد فراوانی دارد. ده جمعیت به منظور بررسی تنوع ژنتیکی خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی گیاه دارویی بادرنجبویه مورد آزمون قرار گرفتند. خصوصیات جوانه زنی بادرنجبویه شامل طول ساقه چه، طول ریشه چه، وزن تر گیاهچه، وزن خشک گیاهچه، درصد جوانه زنی، ضریب جوانه زنی، میانگین مدت زمان جوانه زنی، سرعت جوانه زنی، واریانس جوانه زنی، همگنی جوانه زنی و شاخص جوانه زنی از طریق طرح کاملا تصادفی با 4 تکرار بررسی شدند. ارزیابی دو روش مختلف استخراج dna مبتنی بر ctab در ده جمعیت گیاه دارویی بادرنجبویه انجام شد. در هر روش، سه نمونه در قالب طرح کاملا تصادفی، انتخاب و غلظت dna استخراج شده با استفاده از دستگاه نانودراپ و ژل الکتروفورز آگارز مورد مقایسه قرار گرفت. بر اساس نتایج حاصل از این پژوهش، بین جمعیت های مورد مطالعه اختلاف معنی داری از نظر همه صفات جوانه زنی مشاهده شد. طول ریشه چه با طول ساقه چه، وزن خشک گیاهچه، درصد جوانه زنی، سرعت جوانه زنی، واریانس جوانه زنی و شاخص جوانه زنی همبستگی مثبت و معنی دار در سطح احتمال 1 درصد داشت. براساس نتایج تجزیه خوشه ای صفات جوانه زنی با استفاده از ضریب مربع فاصله اقلیدسی ده جمعیت به سه گروه تقسیم شدند. تجزیه واریانس تفاوت معنی-دار در سطح احتمال 1 درصد بین این دو روش استخراج dna نشان داد. با توجه به نتایج، روش 2 استخراج dna که مبتنی بر استفاده از ذغال فعال بوده است، دارای بهترین کیفیت و مناسب ترین روش با بالاترین بازده استخراج پیشنهاد می گردد. ارزیابی مولکولی جمعیت های بادرنجبویه با 20 نشانگر issr انجام گرفت که از میان آن ها 11 نشانگر چند شکلی نشان دادند و نتایج 4 نشانگر به صورت تک شکل و 5 نشانگر نیز نوار تولید نکردند. بیشترین شاخص شانون، تنوع ژنی نی، میزان اطلاعات چندشکلی pic)) و میزان یکنواختی جمعیت ها در نشانگر issr-6 مشاهده شد. این نشانگر را می‏توان به عنوان بهترین و موثرترین نشانگر issr از میان نشانگرهای مورد مطالعه این تحقیق برای تنوع ژنتیکی بادرنجبویه معرفی نمود. در ارزیابی تجزیه ساختار، جمعیت ها، به دو زیر جمعیت تقسیم شدند، زیر جمعیت اول شامل جمعیت های قزوین، شیراز، ملارد، رودبار و هریف بود. جمعیت های همدان، پاکان بذر و دهکده کرج در زیر جمعیت دوم قرار گرفتند و اصفهان و هیر علاوه بر زیرجمعیت اول بخش‏هایی از ژنوم خود را با زیرجمعیت دوم مشابهت داشتند. بر اساس تجزیه خوشه ای انجام شده بر مبنای داده های مولکولی نشانگر issr، جمعیت ها در سه گروه قرار گرفتند که در گروه اول جمعیت های هیر، شیراز، رودبار، اصفهان، هریف، قزوین و ملارد، در گروه دوم جمعیت های پاکان بذر و همدان و در گروه سوم جمعیت دهکده کرج گزارش شدند.