آیت الله خویی با اهتمام ورزیدن به حفظ نظام اجتماعی،مدیریت اجتماعی،طرح مسئله ولایت فقیه،ولو با نگاهی متفاوت، مسئله قضا و حدود و بسیاری موضوعات سیاسی دیگر توانسته است اندیشه سیاسی خود را پرورش دهد.اما این اندیشه با توجه به واقیت های تاریخ معاصر و شرایط سیاسی موجود،مجال رشد لازم را نیافته است.ایشان برخلاف برخی از فقها،ولایت را نه یک منصب بلکه یک حکم تکلیفی و وظیفه عملی می داند و با ورود احتیاط آمیز به بررسی مسئله ولایت فقیه و وارد نمودن نقدهای متعدد برای اثبات روایی آن،خروجی مناسب را در پرتو ادله عقلی فراروی فقه پژوهان در بسط جایگاه رهبری فقیه قرار می دهد.در واقع روش معرفت شناختی آیت الله خویی در مسئله پژوهی ولایت فقیه او را به نتایجی کاملا متفاوت از برخی فقهای معروف معاصر وی رسانده است.در نظریه سیاسی امام خمینی(ره) سرپرستی و ولایت جامعه اسلامی در عصر غیبت بر عهده فقهای جامع الشرایط است.از دیدگاه ایشان مشروعیت ولایت فقیه بر مبنای نصب الهی است.بر مبنای نظریه سیاسی ایشان حدود و اختیارات ولایت فقیه فراتر از احکام فرعیه الهی است و تمام اختیاراتی که برای پیامبر (ص) و ائمه (ع) در امور حکومتی مطرح بود،فقیه نیز دارا می باشد.به عبارت دیگر ولایت فقیه مطلقه است.وجوه افتراق نظریات سیاسی این دو فقیه عبارت است از 1-آیت الله خویی تمام دلایل روایی و نقلی را به نقد کشیده و آنها را با مسئله ولایت مرتبط ندانسته است،در حالی که از نظر امام خمینی عقل و نقل با هم متحدند. 2-آیت الله خویی از حیث ماهیت تصدی فقیه،میان ولایت و جواز تصرف قائل به تفکیک است و معتقد است ماهیت تصرف و تصدی فقیه بر امور از نوع ولایت نیست بلکه از نوع جواز تصرف است.در صورتی که امام معتقد است فقیه جامع الشرایط در تمامی شئون مربوط به حکومت،دارای ولایت است و همه اختیاراتی که پیامبر و ائمه در زعامت جامعه داشتند،فقیه جامع الشرایط نیز داراست. وجوه اشتراکی نظرات سیاسی این دو فقیه عبارت است از: آیت الله خویی وامام براصل ضرورت تشکیل حکومت اسلامی در عصر غیبت و رهبری فقیه جامع الشرایط اتفاق نظر دارند . آیت الله خویی به این صورت تعبیر کرده اند که قدر متیقن از میان افرادی که می توانند تصدی حکومت را بعهده گیرند ، فقیه جامع الشرایط است .