برهمکنش نیل بلو با پلی نوکلئوتیدهای سنتزی، پلی(گوانین- سیتوزین)، پلی(آدنین- تیمین) و dna غده تیموس گوساله در بافر فسفات 5/2 میلی مولار با ph 20/7 توسط اسپکتروسکوپی جذب uv-vis و فلورسانس بررسی شده است. در طیف جذبی رنگینه کاهش شدید جذب به همراه جابجایی به سمت طول موج های کوتاهتر و خاموشی در طیف فلورسانس مشاهده گردید که بیانگر پیوند قوی نیل بلو با پلی نوکلئوتیدها و dna می باشد. مقادیر تمایل پیوند شدن با استفاده از داده های ماکزیمم طیف جذبی نیل بلو در غلظت های مختلف پلی نوکلئوتیدها و dna ارزیابی شد که نشان داد نیل بلو تمایل پیوندی بیشتری به پلی(گوانین- سیتوزین) در مقایسه با پلی(آدنین- تیمین) دارد. پارامترهای ترمودینامیکی برای dna با استفاده از معادله وانت هوف در دماهای مختلف محاسبه شدند. فرایند پیوند شدن نیل بلو به dna گرمازا و آنتالپی عامل خودبخودی فرایند برهمکنش است. مجموع نتایج مطالعات خاموشی در فلورسانس و آزمایشات جذب uv-vis بیانگر این هستند که نیل بلو به صورت نفوذ بین رشته ای با جفت بازهای dna پیوند برقرار می کند.