هدف از تحقیق حاضر، بررسی چالش های تدوین پایان نامه کارشناسی ارشد رشته تربیت بدنی و علوم ورزشی دانشگاه های کشور از دیدگاه دانش آموختگان است. روش تحقیق از نوع توصیفی بوده و اطلاعات آن به شیوه کتابخانه ای میدانی و با استفاده از پرسشنامه ای جمع آوری شد. جهت جمع آوری اطلاعات، پرسشنامه ای محقق ساخته تهیه گردید که روایی صوری و محتوای آن توسط تعدادی از اساتید رشته تربیت بدنی تأیید گردید؛ و محاسبه پایایی آن با روش آلفای کرونباخ انجام گرفت (83/0 = ?). در این پژوهش از آمار توصیفی و استنباطی تستفاده شده توزیع داده ها با استفاده از آزمون کالموگراف اسمیرنف بررسی شد؛ و آزمون آنوا و تی تک گروهی نیز جهت بررسی داده ها بکار گرفته شد. نتایج نشان داد که به غیراز تعداد اندکی از چالش ها، عوامل فردی- فنی، انگیزشی، آموزشی، هدایتی- نظارتی، امکانات و تجهیزات، اجرای تحقیق، اداری، اقتصادی و اجتماعی بر کیفیت تدوین پایان نامه تأثیر مثبت و منفی داشته و بین بعضی از گرایش های رشته تربیت بدنی در این عوامل تفاوت معناداری مشاهده شد؛ بنابراین جهت افزایش کیفیت پایان نامه های دانشجویی می بایست تأثیرات منفی این عوامل را برطرف نمود.