ویروییدها به عنوان کوچکترین بیمارگرهای گیاهی، از یک مولکولrna حلقوی تشکیل شده و بیماری های مخربی را در گیاهان ایجاد می کنند. تا کنون در مو پنج ویرویید شامل ویرویید لکه زرد مو1 grapevine yellow speckle viroid-1 (gysvd-1)، ویرویید لکه زرد مو2 grapevine yellow speckle viroid- 2 (gysvd-2)، ویرویید کوتولگی رازک hop stunt viroid (hsvd)، ویرویید استرالیایی موaustralian grapevine viroid (agvd) و ویرویید اگزوکورتیس مرکبات citrus exocortis viroid (cevd) شناسایی شده اند. با توجه به عدم وجود اطلاعات در مورد پراکندگی و خصوصیات مولکولی این ویروییدها در استان های مرکزی ایران نمونه برداری از تاکستان های چهار استان اصفهان، چهارمحال و بختیاری، یزد و مرکزی در بهار و تابستان 91 بر اساس علایم لکه زردی و رگبرگ زردی برای دو ویرویید gysvd1 و gysvd2 و در مورد سه ویرویید دیگر با توجه به اینکه فاقد علایم می باشند، به صورت تصادفی انجام شد. rna کل از برگ های جمع آوری شده استخراج شد و به عنوان الگو درآزمون rt-pcr با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی ویرویید های مو شامل gysvd1-mf/gysvd1-mr1، gysvd1_h/gysvd1 c4+، gysvd1_h/gysvd1_c /gysvd1 c4+، gysvd2 h1/gysvd2 c1-، hsvd h2+/hsvd c3-، hsvd_87/hsvd_83m، agvd h2+/agvd c2- و agvd h1+/agvdc1- استفاده شد. در آزمون rt-pcr از بین 120 نمونه جمع آوری شده به ترتیب 120 ، 33، 46 و 40 نمونه به hsvd، agvd ، gysvd-1 و gysvd-2 آلوده تشخیص داده شدند. همچنین هیچ نمونه ای آلوده به cevd شناسایی نگردید. آزمون multiplex rt-pcr برای شناسایی هم زمان چهار ویرویید agvd، hsvd، gysvd-1 و gysvd-2 توسط مخلوطی از آغازگرهای gysvd1-mf/gysvd1-mr1، gysvd2 h1/gysvd2 c1-، hsvd_87/hsvd_83m و agvd h2+/agvd c2- انجام شد و باند های bp130، bp250، bp 300 و bp 370 به ترتیب مربوط به agvd، gysvd-2، hsvd و gysvd-1 مشاهده گردید. محصول pcr یا همسانه تمام طول ژنوم مربوط به 23 جدایه از ویرویید های مو از مناطق مختلف جغرافیایی انتخاب و تعیین توالی شدند. نتایج حاصل از هم-ردیف سازی نشان دهنده میزان تشابه بالا (بیش از 90%) بین جدایه های توالی یابی شده با جدایه های موجود دربانک ژن بود. جدایه های میمه و خاتم agvd بیشترین (7/99%)و کمترین (3/97%) میزان تشابه را به ترتیب با جدایه مراغه با شماره دسترسی jq686701 و جدایه ایران با شماره دسترسی fj940923 نشان دادند. بیشترین و کمترین میزان تشابه جدایه های hsvd مربوط به جدایه سامان ، محلات و شهرضا با جدایه ای از چین با شماره دسترسی dq371459 و جدایه خاتم با جدایه ایران با شماره دسترسیjx430795 به ترتیب به میزان 100% و 3/92% بود. در جدایه های gysvd1 بیشترین میزان تشابه مربوط به جدایه های محلات، میمه و شهرضا با جدایه ای از ایتالیا با شماره دسترسیaf462167 به میزان 8/97% وکمترین میزان تشابه مربوط به جدایه گهرو با سه جدایه از چین، ایران و ایتالیا به ترتیب با شماره های دسترسی gu170805، jn008866 و af462167 به میزان 1/95% بود. جدایه گهرو gysvd2 بیشترین میزان تشابه را با جدایه ای از چین با شماره دسترسی dq377131 به میزان 4/99% و کمترین میزان تشابه را جدایه های میمه و تیران با جدایه ایران با شماره دسترسی jn008867 به میزان 3/98% نشان دادند. درخت تبارزایی بر اساس توالی تمام طول ژنوم ویروییدها به روش neighbor-joining با 10000 بار تکرار رسم شد. نتایج حاصل از درخت تبارزایی نشان دهنده عدم تفکیک جدایه های ویروییدی بر اساس منطقه جغرافیایی بود. نتایج حاصل از این تحقیق پراکندگی بالای ویروییدهای مو در استان های مرکزی ایران و میزان تشابه بالای نوکلئوتیدی آن ها با سایر توالی های موجود در بانک ژن را نشان داد.