کلزا که به منظور استحصال روغن آن تولید می¬گردد همانند سایر گیاهان زراعی متاثر از شوری می-شود. شوری خاک به عنوان یکی از مهمترین عوامل نامساعد و تنش¬زای غیر زنده اثر نامطلوب بر میزان تولید و کیفیت محصولات کشاورزی دارد. باکتری pseudomonas fluorescens جزو باکتری¬های محرک رشد گیاه می¬باشد و در همیاری با گیاهان باعث افزایش رشد آنها و افزایش مقاومت گیاه در برابر عوامل بیماری¬زا و محدود کننده محیطی می¬گردد. در این طرح شوری در دو سطح صفر و 300 میلی مولار نمک nacl اعمال شد. حضور یا عدم حضور باکتری به عنوان تیمارهای دیگر با سه تکرار اعمال گردید و برای تجزیه¬های آماری از طرح کرت¬های خرد شده با طرح پایه¬ی کاملا تصادفی استفاده شد. وزن تر و وزن خشک اندام¬های هوایی و ریشه، ارتفاع بوته و طول ریشه به عنوان داده¬های مربوط به صفات آگرو- مورفولوژیک پس از اعمال تیمارهای یاد شده به دست آمد. به منظور بررسی پروتئین¬های دخیل در بهبود مقاومت گیاه کلزا به شوری در همیاری با باکتری pseudomonas fluorescens الگوی الکتروفورز دو بعدی پروتئوم ریشه آن مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور نخست عصاره¬ی پروتئینی بافت ریشه با روش tca- استون استخراج شد. برای بعد اول از isoelectric focusing و در بعد دوم از روش sds-page جهت تفکیک پروتئین¬ها استفاده گردید. ژل¬های حاصل پس از رنگ آمیزی به روش نیترات نقره و تصویر برداری به کمک نرم¬افزار pd-quest با ژل¬های نمونه¬های شاهد مقایسه و تغییرات بیان لکه¬های پروتئینی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج حاصل نشان داد که از 216 لکه¬ی ظاهر شده 16 لکه¬ی پروتئینی در اثر اعمال تنش شوری، 13 لکه¬ی پروتئینی در حضور باکتری محرک رشد گیاه و 23 لکه در صورت اعمال هر دو تیمار تغییر بیان نشان می¬دهند. پس از شناسایی احتمالی پروتئین¬های مربوطه با استفاده از معیارهای وزن مولکولی و pi مشخص شد که این پروتئین¬ها با افزایش یا کاهش بیان همراه بوده¬اند جزو پروتئین¬های دخیل در مسیرهای متابولیکی/انرژی¬زایی، پیام رسانی، حفاظت و دفاع سلولی، کانالی، پروتئین¬های دخیل در ساختار و مکانیابی پروتئین¬های دیگر، پروتئین¬های دخیل در ساختمان سلولی و پروتئین¬های دخیل در رونویسی و ترجمه هستند. با اعمال تیمار شوری یا باکتری یا شوری و باکتری بیشترین تعداد لکه¬های دچار تغییر بیان شده مربوط به گروه پروتئین¬های متابولیکی/انرژی¬زایی بود.