تنوع ژنتیک، پایه و اساس اصلاح گیاهان محسوب می شود. در ایران، توده های بومی به سبب سازشی که در طی زمان کسب کرده اند، دارای ژن های مطلوب نظیر ژن های مقاومت به خشکی، شوری و مقاومت به آفات و بیماری ها شده اند. خیارچنبر با نام علمی cucumis melo var. flexuosus به خانواده ی کدوییان تعلق دارد. ایران یکی از مراکز تنوع خیارچنبر است و با توجه به اهمیت اقتصادی این گیاه و همچنین توجه کمی که به این گیاه معطوف شده است، لازم است مطالعات ژنتیک از قبیل تنوع ژنتیک در مورد این گیاه به ویژه توده های محلی صورت گیرد. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیک توده های خیارچنبر بومی ایران، از 16 توده که تعدادی از نقاط مختلف ایران جمع آوری و تعدادی از مؤسسه ی اصلاح نهال و بذر تهیه شده بود، استفاده گردید. در بخش مورفولوژی، 61 صفت مورفولوژی شامل 21 صفت کمی و 40 صفت کیفی مورد ارزیابی قرار گرفت. مقایسه میانگین صفات کمی، وجود تفاوت معنی دار را بین این توده ها نشان داد. از طرفی خوشه بندی براساس صفات مورفولوژی، با استفاده از روش یو پی جی ام ای بر اساس ضریب تشابه اقلیدسی، توده ها را در چهار خوشه ی متفاوت قرار داد. در بخش بیوشیمیایی، میزان فعالیت دو آنزیم آنتی اکسیدانت کاتالاز و پراکسیداز در توده ها مورد مقایسه قرار گرفت. مقایسه میانگین ها نشان داد که بین توده ها از نظر میزان فعالیت آنزیم های کاتالاز و پراکسیداز اختلاف معنی داری وجود دارد. در بخش مولکولی برای ارزیابی تنوع ژنتیک توده ها از 10 آغازگر issr استفاده شد. در مجموع 93 باند واضح و قابل امتیازدهی تولید شد، که 82 باند از میان آن‎ها چندشکل تشخیص داده شد بیشترین تعداد باند چندشکل مربوط به آغازگر دو با 18 باند چندشکل و کمترین تعداد آن‎ها مربوط به آغازگر یک با دو باند چندشکل بود. میانگین تعداد باندهای چندشکل به ازای هر آغازگر 2/8 و میانگین درصد چندشکلی 95/82 درصد به دست آمد. میانگین محتوای اطلاعات چندشکل برای 10 آغازگر مورد استفاده 34/0 به دست آمد. بیشترین میزان اطلاعات چندشکل مربوط به آغازگر شماره ی 10، (ga)8a با مقدار 46/0 بود. بیشترین میزان شاخص نشانگر در آغازگر شماره ی پنج، (ac)8yg با مقدار 81/4 به دست آمد. بیشترین شاخص اطلاعاتی شانون، میزان هتروزیگوسیتی قابل انتظار و درصد لوکوس های چندشکل در توده ی تربت حیدریه به دست آمد، بنابراین افراد مختلف این توده به علت داشتن تنوع بالا می توانند در برنامه های اصلاحی آینده مورد توجه قرار بگیرند. کمترین میزان این شاخص ها مربوط به توده های فارس2 و محلات بود. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که واریانس درون توده ها 85 درصد به مراتب بیشتر از واریانس بین توده ها 15 درصد است. تجزیه خوشه ای براساس الگوریتم upgma و ضریب عدم تشابه nei و با استفاده از نرم افزار ntsyspc.v2.02e، توده‎ها را به پنج خوشه تفکیک کرد. خوشه بندی براساس صفات مورفولوژیک و مولکولی به مقدار زیادی با هم مطابقت داشتند. به طور کلی نتایج این پژوهش نشان داد که خیارچنبرهای بومی ایران از نظر تنوع ژنتیک غنی هستند و می توانند نقش مهمی در برنامه های نوین به نژادی ملون ها داشته باشند، همچنین گروه بندی توده‎ها بر اساس نشانگر‎های مولکولی issr، مطابقت زیادی با پراکنش ‎جغرافیایی نداشت و ‎توده‎هایی که از نظر فاصله ی ژنتیک به هم نزدیک بودند لزوماً از لحاظ مسافت جغرافیایی به هم نزدیک نبودند.