باکتری سالمونلا از جمله باکتری های بیماریزای واقعی است که می تواند در غذا و مواد اولیه حضور پیدا کند. وجود این باکتری در مواد غذایی علاوه بر ایجاد بیماری می تواند باعث افت کیفیت تولید و کاهش رشد اقتصادی کشور شود. در این مطالعه، تعداد 150 مخزن حمل کننده شیر خام از نقاط مختلف استان چهارمحال و بختیاری برای شناسایی و جداسازی باکتری سالمونلا در شیر خام، توسط روش واکنش زنجیره ای پلیمراز مورد آزمایش قرار گرفت. در این روش ابتدا شیر خام به روش سنتی مورد کشت و آزمایش قرار گرفت و سپس مراحل تکمیلی و شناسایی آن برای جداسازی باکتری سالمونلا انجام شد. با استفاده از روش کشت، 6 نمونه کشت باکتری مشکوک، برای انجام آزمایش pcr انتخاب شد که پس از آزمایش pcr و استفاده از شناساگر ژن inva نتایج آزمایش منفی شد. در روش استخراج dna از شیر خام با استفاده از شناساگر ژن inva توسط روش pcr، نمونه ها ارزیابی شد. در این روش تعداد 3 نمونه از 150 نمونه مورد آزمایش مثبت شد که مربوط به مناطق کیان و خراجی بودند. در مجموع در 2 درصد از کل نمونه ها، آلودگی به باکتری سالمونلا وجود داشت. در ادامه بررسی-ها، با توجه به اینکه باکتری سالمونلا از طریق کشت میکروبی شناسایی نشد، آزمایشات تکمیلی دیگری برای پی بردن به حضور سایر باکتری های گرم منفی، در شیر خام انجام شد و از محیط های کشت اختصاصی نظیر ستریمید آگار و محیط های کروموژنیک (نظیرکروم آگار اورینتیشن) استفاده شد و باکتری هایی نظیر پزودوموناس (44درصد)، اشریشیا کلی (30 درصد)، پروتئوس (3/13 درصد) و کلبسیلا (10 درصد) شناسایی شد.