در گیاهان، فسفر در مقیاس نسبتاً وسیع برای بیوسنتز متابولیت های اولیه و ثانویه مورد نیازاست .فسفر از ترکیبات مهم atp است که انرژی برای فرایند های گیاهی مانند فتوسنتز، تنفس، سنتز پروتئین و جابه جایی مواد غذایی فراهم می کند. جاسمونات ها یک گروه از تنظیم کننده های رشد گیاهی می باشند که سبب ایجاد پاسخ های متفاوتی در گیاهان می گردند. در این پژوهش، اثرات فسفر (0، 2 و4 میلی مولار ) و متیل جاسمونات (0، 50 و100 میکرومولار) بر رشد و تولید متابولیت های ثانویه گیاه فلفل قرمز مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که کاربرد فسفر به ویژه غلظت 2 میلی مولار بر بیشتر پارامترها تاثیر مثبت داشت. کاربرد متیل جاسمونات در هیچ کدام از غلظت ها در ارتفاع اندام هوایی و طول ریشه تاثیر نداشته است. بیشتر پارامتر ها از جمله محتوای آنتوسیانین، ترکیبات فنلی و فلاونوئیدها، پروتئین و فعالیت آنزیم pal در برگ در غلظت 50 میکرومولار متیل جاسمونات افزایش بیشتری نسبت متیل جاسمونات 100 میکرومولار در مقایسه با گیاه شاهد نشان دادند. در میوه محتوای آنتوسیانین و ترکیبات فنلی، فعالیت آنزیم pal وca4h در هر دو غلظت متیل جاسمونات در مقایسه با گیاهان شاهد افزایش معنی داری نشان داده اندکه این افزایش در غلظت 100 میکرومولار چشمگیرتر می باشد. نتایج حاصل نشان داد که کاربرد توام متیل جاسمونات 50 میکرومولار با فسفر 2 و4 میلی مولار سبب افزایش وزن خشک و رنگیزه های فتوسنتزی گردید، ولی تیمار توام متیل جاسمونات 100 میکرومولار با فسفر 4 میلی مولار سبب کاهش این پارامترها شد. به علاوه نتایج نشان داد که تیمار توام متیل جاسمونات 50 میکرومولار و فسفر 2 میلی مولار سبب افزایش معنی دار متابولیت های ثانویه و فعالیت آنزیم pal در برگ شدند. متیل جاسمونات100 میکرومولار با فسفر4 میلی مولار نیز سبب افزایش معنی دار متابولیت های ثانویه میوه، فعالیت آنزیم pal در میوه و فعالیت آنزیم ca4h در برگ و میوه گردیدند، اما برهمکنش بین متیل جاسمونات 100 میکرومولار و فسفر 2 میلی مولار سبب کاهش این پارامترها شد.