با پیروزی انقلاب اسلامی و آغاز جنگ تحمیلی و حمایت شورای همکاری خلیج فارس از عراق در جنگ با ایران روابط ایران و شورای همکاری خلیج فارس تیره گردید.با پایان جنگ و آغاز فعالیت های دولت سازندگی آقای هاشمی رفسنجانی روابط جمهوری اسلامی ایران و شورای همکاری خلیج فارس تا حدودی بهبود یافته و تنش ها کاهش یافت.در دوره اصلاحات با طرح اصول تنش زدایی و اعتمادسازی و تاکید بر بسط روابط دوستانه با همسایگان،روابط ایران و شورای همکاری خلیج فارس بهبود یافته و کمتر انتقادی از سوی شورا متوجه ایران بود. روند این روابط در دوره اصولگرایان(ریاست جمهوری احمدی نژاد)دوباره به تیرگی گرایید.