مبانی فکری و اصول جناحی در روند سیاست گذاری از اهمیت ویژه ای برخوردار است.بطوری که می توان تاثیر این مبانی را در سیاست های اجرایی و در صحنه عمل مشاهده کرد.هر یک از دو جناح اصلاح طلب و اصول گرا در رابطه با برنامه ی هسته ای جمهوری اسلامی ایران ، سیاست هایی را به اجرا گذاشتند که ناشی از مبانی فکری و جناحی خود بوده است که این اصول عقیدتی و فکری را بعنوان نهاده وارد سیستم سیاست خارجی جمهوری اسلامی ایران کردند و پس از تجزیه و تحلیل در این سیستم ،که دارای یکسری اصول و قواعد خاص خود می باشد ، در قبال برنامه ی هسته ای، سیاست های خاص خود را به اجرا گذاشتند..حال این سوال مطرح می شود که چه تفاوتی بین روش ها و اهداف اصلاح طلبان و اصولگرایان در قبال برنامه ی هسته ای وجود داشت.در پاسخ این فرضیه مطرح می شود که با توجه به تفاوت های فکری و جناحی اصلاح طلبان و اصولگرایان سیاستهای این دو از لحاظ روشی متفاوت اما هدف هردو جناح مشترک بود یعنی دستیابی به برنامه ی صلح آمیز هسته ای. روش تحقیق را در این پایان نامه می توان تبیینی – تفسیری نامید و در بخش هایی نیز از بررسی های تاریخی استفاده شده است.