به منظور شناسایی و تعیین ساختار و مقایسه تنوع ژنتیکی خیار دریایی holothuria parva در دو منطقه بندر بستانه و بندر دیر، روش توالی یابی ژن 16s rrna بکار رفت. به این منظور پس از نمونه برداری از ایستگاه ها، استخراج dna به روش استات آمونیوم انجام گرفت. آغازگرهای مورد استفاده با به کارگیری نرم افزار oligo7 طراحی گردید و با استفاده از آن ها واکنش های زنجیره ای پلیمراز صورت گرفت. پس از تکثیر، محصولات توسط دستگاه توالی یاب خودکار، توالی یابی شدند. بعد از تعیین توالی، آنالیز توالی ها با استفاده از نرم افزارهای chromas، bioedite، mega و dnasp انجام شد. در مجموع 417 جایگاه نوکلئوتیدی مورد مطالعه قرار گرفت که پس از بررسی در پایگاه داده ای ncbi توالی ها با ژن 16s rrna همخوانی داشتند و تعلق نمونه ها به گونهholothuria parva مورد تایید قرار گرفت. در مجموع در دو منطقه 4 هاپلوتایپ شناسایی شده که یکی از هاپلوتایپ ها در دو منطقه مشترک بوده است. بندر بستانه دارای 3 هاپلوتایپ و بندر دیر دارای 2 هاپلوتایپ بودند. تنوع هاپلوتایپی در بستانه 83% و در دیر 50% تخمین زده شد. تنوع نوکلئوتیدی در بستانه و دیر به ترتیب 007/0 و 002/0 برآورد شد. تمایز ژنتیکی (fst) ناچیز 000/0 و نرخ واگرائی (dxy) 0048/0 و جریان ژنی (nm) بالا 1874 بین دو منطقه برآورد گردید. بر اساس نتایج به دست آمده از این بررسی، احتمالا نمونه های بندر بستانه و بندر دیر از یک جمعیت یکسان هستند که به دلیل جریان ژنی بالا بین دو منطقه تمایز زیادی از هم ندارند و وجود هاپلوتایپ مشترک نیز بیانگر وجود نیای مشترک holothuria parva در دو منطقه می باشد. واژگان کلیدی: holothuria parva، خلیج فارس، تنوع ژنتیکی، 16s rrna، بستانه، دیر