بیماری بلاست یکی از مهم ترین بیماری های خسارت زا در برنج است که سالانه باعث تلفات زیاد عملکرد برنج در دنیا می شود. استفاده از ارقام مقاوم حامل ژن های اصلی مقاومت (r) به عنوان یکی از بهترین روش های قابل اطمینان جهت کنترل بیماری ها می باشد. به همین منظور، برای شناسایی ارقام و لاین های برنج مقاوم به بلاست از تعدادی آغازگر همبسته با ژن pi1 طراحی و از آن ها برای تکثیر dna استفاده گردید. از ترکیب های آغازگری rm144 ، rm206 ، rm224 استفاده گردید که باعث شناسایی لاین های مقاوم و حساس و نیز هتروزیگوت نسبت به جایگاه ژنی pi1 در ارقام و لاین های مورد آزمایش گردید و نیز از نشانگر ap5659_3a برای شناسایی ارقامی که دارای گروه پیوسته با ژنpi2 موثر در مقاومت به بیماری بلاست استفاده گردید. بر اساس نتایج حاصل از الکتروفورز نشانگرهای وابسته به جایگاه pi-1 ارقام دیلمانی و نوک سیاه نسبت به هر سه نشانگر حالت پیوسته نشان دادند و رقم حسنی نسبت به هر سه نشانگر فاقد پیوستگی بود. نتایج حاصل از نشانگر pi2 نیز نشان داد که ارقام حسنی و شصتک محمدی و میلاد دارای پیوستگی با نشانگر مورد استفاده می باشند و ارقام r9 (آورده شده از ایری) و ساحل و لاین حاصل تلاقی ساحل / سنگ طارم (l45) نسبت به همین نشانگر ap5659_3a حالت هتروزیگوت را نشان دادند و سایر ارقام فاقد پیوستگی با جایگاه مورد نظر بودند. بنابراین، استفاده از این نشانگرهای اختصاصی ژن های مقاومت می تواند در کنار روش های سنتی ارزیابی فنوتیپی موجب ایجاد اطمینان بیشتر در مقاومت ارقام و لاین ها در برنامه های اصلاحی گردد.