درمشروطه جدال اصلی میان دو گروه از طرفداران نظام سنت قدمایی درگرفت. گروهی که حاضر به پذیرش هیچ گونه تغییری نبودند وگروه دیگری، که سعی می کرد با حفظ اصول اساسی، آن ها را با مفاهیم جدید بازسازی نماید. از آن جا که جنبش سیاسی مشروطه خواهی، کوششی برای تدوین نظریه ی حکومت قانون و ایجاد نهادهای آن بود، فقه، به عنوان نظام حقوق شرع، تنها بخش نظام سنت قدمایی بود که می توانست در تفسیر نوعی به نظام حقوقی جدید تبدیل شد و محلاتی به عنوان عالمی مشروطه خواه با فهم و درک این مهم به دفاع از مشروطه پرداخت. او در مهم ترین رساله اش «اللئالی المربوطه فی وجوب المشروطه» اصل العله اوضاع آشفته ی ایران را استبداد می داند. محلاتی درمان این بیماری را برقراری حکومتی با قدرت محدود شده می داند اما به عنوان یک فقیه شیعه با مشکلی عمیق مواجه بود. بر اساس آموزه های شیعه، هر حکومتی جز حکومت امام معصوم (ع) غاصب، جائرو حکومت جور است و همکاری با آن توصیه نمی گردد مگر در راستای اهداف شریعت. محلاتی با پیوندی که میان فلسفه سیاسی و فقه سیاسی شیعه ایجاد می نماید به چاره جویی می پرداخته و حکومت را به سه شکل ترسیم می نماید: اول حکومت مختلط الهی امام که با توجه به دوران غیبت از دسترس ما خارج است. دوم حکومت فردی مستبده که به دلیل مفاسده آن به ویژه استبداد مطرود است و سوم حکومت جمعی مشروطه . محلاتی با بهره گیری از فقه و قواعد فقهی و ادله های عقلی به توجیه و نظریه پردازی حکومت مشروطه می پردازد. بر این اساس، حال که امکان دسترسی به حکومت کمال مطلوب وجود ندارد باید نزدیک ترین شکل حکومت به آن را برپا نمود. در این حکومت فرد یا گروه خاصی حق انحصاری در امور سیاسی ندارند و مردم مالک و صاحب همه ی منافع و مصالح هستند و همه ی امور باید بر اساس نظر آن ها از طریق نمایندگان شان صورت پذیرد لکن این امور همه در حوزه و عرصه عرف قرار دارند وگرنه عرصه ی شرع که به کلیات و اصول و قوه قضائیه می پردازد در اختیار فقهاست . هدف نهایی و غایی حکومت مشروطه، حفظ و اعتلای اسلام از طریق امر به معروف و نهی از منکر و نفی سلطه بیگانگان است. در عرصه ی عرفی او بر اساس آموزه های اصولی فقه شیعه قائل به منطقه ی فراغی است که ارکان مشروطه یعنی آزادی، برابری، قانون گذاری و ...در آن قابل توضیح و اجراست. محلاتی در عرصه ی نظر معتقد است فقها در حوزه امور شرعی دارای اختیاراتی می باشند اما بر اساس آن چه در عرصه ی عمل به عنوان یک فقیه اصولی از او شاهدیم می توان گفت او معتقد است که مردم می توانند در امور عرفی به فقها مراجعه و آن ها را به رهبری و زعامت انتخاب کنند که در این صورت فقیه منتخب دارای نظارت ولایی و حکومت از مشروعیت الهی – مدنی برخوردار خواهد گردید. در این حکومت مردم از سوی خداوند صاحب حق حاکمیت بوده و مشروعیت آن ها در عرض مشروعیت الهی فقیه قرار دارد؛ به عبارتی هر دو جزء مشروعیت در عین استقلال با هم دارای مرزهای مشترک و تداخلی هستند.