در این پژوهش به بررسی تاثیر کود شیمیایی و کودهای آلی از قبیل کمپوست، کود مرغی، کود گوسفندی و همچنین تلفیق این کودها با کود شیمیایی بر شاخص¬های بیولوژیکی خاک از قبیل کربن آلی، فسفر آلی، تنفس میکروبی، بیومس میکروبی، فعالیت آنزیم¬های اوره¬آز، فسفاتاز قلیایی و ساکاراز در شرایط غرقاب پرداخته شد. بدین منظور تحقیقی در قالب طرح بلوک¬های کامل تصادفی در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری در سه تکرار در سال 1391 انجام شد. تیمارهای کودی شامل: t0: شاهد، t1: کود شیمیایی (طبق آزمون خاک)، t2:20تن کمپوست زباله شهری در هکتار،t3 : 10تن کود مرغی، t4: 20تن کود گوسفندی، t5: 80%کود شیمیایی+20%کمپوست، t6: 80%کود شیمیایی+20%مرغی، t7: 80%کود شیمیایی+20%گوسفندی، t8: 80%کود شیمیایی + 10%کمپوست + 10%مرغی، t9: 80%کود شیمیایی+10%کمپوست+10%گوسفندی، t10: 80%کود شیمیایی+10%مرغی+10%گوسفندی، t11: 70%کود شیمیایی + 10%کمپوست + 10%مرغی + 10%گوسفندی بود. که قبل از نشاء برنج به زمین زراعی اضافه شد. قبل از کوددهی و 30 روز پس از کوددهی از لایه سطحی نمونه¬برداری شد. نتایج نشان داد که فعالیت¬های میکروبی خاک با کاربرد تیمارهای کودی افزایش معنی¬داری را نسبت به شاهد نشان داد. افزایش کودهای آلی به خاک موجب افزایش نیتروژن کل نسبت به تیمار کود شیمیایی گردید. در تیمار کود شیمیایی همراه با کود مرغی بالاترین سطح فسفر آلی خاک حاصل شد. بیشترین میزان کربن آلی (42/2 درصد) در تیمار t10، تنفس میکروبی (2625 میلی¬گرم بر کیلوگرم) در تیمار t11، کربن بیومس میکروبی (33/680 میلی¬گرم بر کیلوگرم) در تیمار t3 نیتروژن بیومس میکروبی (44/82 میلی¬گرم بر کیلوگرم) در تیمار t4، آنزیم¬های اوره¬آز (81/106 میلی¬گرم آمونیوم آزاد شده) و فسفاتاز قلیایی (24/696 میکروگرم پارانیتروفنل) در تیمار t5، آنزیم ساکاراز (43/167 میکروگرم گلوکز) در تیمار t2مشاهده شد. با توجه به نتایج حاصله از این پژوهش و تاثیر معنی¬دار استفاده از کودهای آلی و معدنی بصورت جداگانه و یا با هم، در افزایش فعالیت¬های میکروبی خاک، می¬توان کاربرد کودهای آلی را بصورت جداگانه در جهت افزایش کربن (کود شیمیایی) و نیتروژن (20تن کود گوسفندی در هکتار) بیومس میکروبی و آنزیم ساکاراز (20تن کمپوست زباله شهری در هکتار)، و تلفیقی در جهت افزایش کربن آلی (80%کود شیمیایی+10%مرغی+10%گوسفندی)، فسفر آلی (80%کود شیمیایی+20%مرغی)، تنفس میکروبی (70%کود شیمیایی + 10%کمپوست + 10%مرغی + 10%گوسفندی)، فعالیت آنزیم اوره¬آز و فسفاتاز قلیایی (80%کود شیمیایی+20%کمپوست) خاک پشنهاد نمود.