نام پژوهشگر: آرش بابایی

بررسی خواص ضد باکتریایی و آنتی اکسیدانی گیاهی اندام های مختلف یونجه (.medicago sativa l) طی مراحل مختلف رشد
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه ملایر - دانشکده علوم پایه 1392
  بدری اصطلامی   آتوسا علی احمدی

گیاهان با تنوع وسیع در ترکیبات شیمیایی، منبع محتملی از عوامل ضد باکتریایی و آنتی اکسیدانی هستند. با توجه به گزارش هایی درباره حضور این ترکیبات در گیاه یونجه در این تحقیق به بررسی خواص آنتی اکسیدانی و ضد باکتریایی این گیاه طی مراحل مختلف رشد و نیز در اندام های مختلف پرداخته شده است. علاوه بر این محتوای ترکیبات فنول و فلاونوئید کل و آنتوسیانین و رنگیزه های فتوسنتزی بررسی گردید. پس از کاشت بذر گیاه ، نمونه برداری از اجزای گیاه طی مراحل مختلف رشد و عصاره گیری با روش خیساندن انجام شد. خواص ضد باکتریایی عصاره های متانولی و هگزانی در برابر دو باکتری گرم مثبت و دو باکتری گرم منفی با استفاده از روش دیسک دیفیوژن و mic، هم چنین روش agar overlay در نمونه بذر بررسی شد، فعالیت آنتی اکسیدانی عصاره های متانولی مطابق روش مهار رادیکال dpph و bht به عنوان استاندارد ارزیابی و نتایج به صورت ic50 بیان شد. مطابق نتایج به دست آمده، عصاره پروتئینی بذر گیاه اثر قوی را در برابر باکتری گرم مثبت استافیلوکوکوس اورئوس نشان داد. سایر عصاره ها دارای اثر ضعیف یا فاقد اثر در برابر باکتری های مورد بررسی بودند. بذر و گل گیاه بالاترین فعالیت آنتی اکسیدانی را نشان دادند. هم چنین بیش ترین محتوای فنول کل، فلاونوئید کل و آنتوسیانین در گل و بالاترین مقدار رنگیزه های فتوسنتزی در برگ مشاهده شد.

مطالعه اثرات رژیم های مختلف آبیاری بر رشد و خواص آنتی باکتریال سیاه دانه .nigella sativa l
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه ملایر - دانشکده علوم پایه 1392
  مرضیه روستایی   معصومه ملکی

گیاه سیاهدانه (nigella sativa l.) متعلق به خانواده ranunculaceae است. بذرهایn. sativa محتوی روغن های ثابت و فرار هستند که منابع غنی کوینون ها، اسیدهای چرب غیر اشباع، آمینواسیدها و پروتئین ها و محتوی مقادیر ناچیزی از آلکالوئیدها و ترپنوئیدها هستند. در بین اجزای جداشده از روغن فرار n. sativa نشان داده شد که تیموکوینون جزء فعال و اصلی آن است و بنابراین بیشترین مطالعات درباره آن بوده است. تأثیر تنش خشکی بر روی گیاهان پیچیده بوده و بستگی زیادی به مراحل رشد و نموی آن ها دارد. در تحقیق حاضر، بذر سیاهدانه از مرکز تحقیقات بذر اصفهان خریداری و سپس در گلدان ها کاشته شدند و در شرایط گلخانه ای نگهداری شدند. پس از جوانه زنی بذرها یک دسته از گلدان ها تحت تنش کم آبی قرار گرفتند به صورتی که یک سوم گیاهان شاهد و به میزان 150 میلی لیتر هر سه روز یک بار آبیاری شدند. طول کل و وزن تر گیاهان نشان داد که تنش کم آبیاری کاهش معنی داری را بر طول و وزن گیاه داشته است. همچنین تنش باعث کاهش معنی دار rwcدر گیاه تحت تنش کم آبی شد. یون سدیم نیز تحت تنش کم آبی در گیاه افزایش معنی داری داشت درحالی که میزان یون پتاسیم کاهش نشان داد. فعالیت آنزیم های کاتالاز و سوپر اکسید دیسموتاز نیز تحت تنش کم آبی افزایش نشان داد. همچنین خاصیت آنتی باکتریال بذرهای گیاهانی که تحت تنش قرار گرفته بودند نسبت به سایر بذرها بیشتر بود و اثر مهاری بهتری را نشان داد.

بهینه سازی تولید یک آنتی بادی با اختصاصیت دوگانه علیه گیرنده لپتین و cd4 و بررسی خواص آن
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1393
  لیلا ممجدی   حمید زرکش اصفهانی

موش¬های دچار نقص لپتین، (هورمون پروتئینی با وزن مولکولی 16 کیلو دالتون،) به القای هر دو نوع فعال و اکتسابی انسفالومیلیت خودایمن تجربی، eae (مدل حیوانی بیماری مالتیپل اسکلروزیس) مقاومت دارند که این مقاومت با تجویز لپتین قابل برگشت بوده. به طور کلی لپتین باعث افزایش واسطه¬های ایمنی سلولی و تمایز لنفوسیت tcd4+ به سمت th1 میشود. موش¬هایی که سلول¬های cd4+ t آن¬ها، تحت تاثیر آنتاگونیست¬های لپتین قرار گرفته، یک کاهش حساسیت نسبت به پپتید عامل القاء eae از خود نشان دادند. در نتیجه با استفاده از آنتاگونیستی برای ممانعت از عمل لپتین بر سلول¬ها، تا حد زیادی می¬توان بیماری¬های خودایمن را درمان کرد. از طرفی لپتین یک هورمون (سایتوکاین) چند منظوره و دارای اثرات متعدد از جمله در متابولسیم و تعادل انرژی است؛ بنابراین لازم است برای تعدیل اثرات لپتین منحصراً در سیستم ایمنی، آن را فقط به سمت سلول¬های t سوق دهیم؛ tafv (tandem single chain fragment variable: tandem scfv) طراحی شده در پژوهش قبلی با ویژگی دوگانه همزمان، علیه گیرنده سلول¬های t، cd4، و علیه گیرنده لپتین به این منظور تولید شده. هدف از این پژوهش بهینه¬سازی شرایط برای تولید مقادیر افزوده از این مولکول بود. به این منظور ژن tafvِ کلون شده به وکتورهای pet32a و pet26b ساب¬کلون و سپس آزمایش¬های بهینه-سازی تولید محصول بر روی آن انجام شد. برای وارد کردن ژن tafv به وکتورهای pet32a و pet26b هر دو وکتور مبدأ (pab1) و هدف با آنزیم¬های noti- hindiii و ncoi -ecori در واکنش¬های دابل دایجست بریده شدند و سپس واکنش الحاق بین قطعه و وکتورهای هدف صورت گرفت. قطعه¬ی tafv همراه با pelb وارد وکتور pet32a شد و وکتور pet26b خود دارای قطعه¬ی pelb بود. حضور قطعه tafv در وکتور pet32a با انجام pcr به کمک پرایمرهای t7 تأیید شد. بعد از ترانسفورماسیون سویه¬های باکتری e.coli و بیان پروتئین، آزمایش¬های دات¬بلات و وسترن¬بلات برای اطمینان از بیان پروتئین توسط آنتی¬بادی anti his- hrp انجام شد. تمام آزمایش¬های بررسی حضور پروتئین بر روی قسمت¬های سیتوپلاسم و پری¬پلاسم باکتری-ها انجام گرفت. برای دستیابی به عصاره¬ی پری¬پلاسمی، از شیب سوکروز (بافر x1 و x 5/1 تریس، edta و سوکروز) و برای دستیابی به عصاره¬ی سیتوپلاسمی از امواج اولتراسوند (سونیکاتور)، بهره برده شد. سری آزمایش¬های بهینه¬سازی (18 آزمایش)، با 4 فاکتور که فاکتور محیط کشت دارای 6 سطح و سایر فاکتورها یعنی دما، سویه¬ی باکتریایی و غلظت iptg هر کدام دارای 3 سطح بودند، پس از طراحی توسط نرم¬افزار مینی¬تب، با 3 بار تکرار انجام شد. (سطوح فاکتورها به این شرح بود: محیط¬های کشت tb حاوی گلیسرول m0.6، lb حاوی سوربیتول m 0.5، sb حاوی سوربیتول m 0.5، lb حاوی گلایسین و تریتون 100 – x هر کدام 1%، sb حاوی گلایسین و تریتون 100 – x هر کدام 1%، tb حاوی گلیسرول m0.6 و اتانول 3%. ، دماهای 18، 23 و ˚c 30، سویه¬های e.coli bl21, jm109, origami و غلظت¬های0.05, 0.1, 1mm iptg). به منظور مقایسه¬ی میزان پروتئین تولید شده، تست الایزا روی آن¬ها انجام شد. برای تست الایزا به علت فقدان استاندارد تجاری، پروتئین¬های تولید شده به عنوان استاندارد به کار برده شدند. به این ترتیب که از بخشی از آن¬ها بعد از خالص¬سازی و تغلیظ، سری رقت تهیه شد و توسط تست بردفورد مقدارشان تعیین و به عنوان استاندارد برای آزمایش¬های الایزا به کار برده شدند و مقایسه پروتئین تولید در مقادیر مختلف انجام گرفت. به منظور خالص¬سازی از دو نوع ستون نیکل ni-nta و کارتریج 300 نوواجن بهره برده شد. این نتیجه حاصل شد که احتمالاً محیط¬های حاوی سوربیتول و همین¬طور محیط¬های tb، دمای ˚c 18، سویه¬ی e.coli bl21 و غلظت iptg 0.05mm برای بیان پروتئین مناسب¬تر از سایر سطوح¬اند. غلظت تقریبی پروتئین تولید شده ml/ µg 26.67 برآورد شد. در نهایت میزان کارایی یا اتصال پروتئین خالص شده به cd4 روی لنفوسیت¬ها مورد ارزیابی قرار گرفت که در کنار کنترل مثبتِ anti human cd4 fitc که قادر به اتصال به 24% لنفوسیت¬ها بود، قابلیت اتصال tafv تولید شده در بیشترین حالت به حدود 20 % از لنفوسیت¬ها نشان داده شد.

بررسی و تعیین باکتری های اپی فیت القاء کننده تنش سرما در انگور (vitis vinifera l.)
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه ملایر - دانشکده علوم پایه 1393
  پروانه روستایی   موسی رسولی

تنش سرما یکی از مهمترین دلایل خسارت در تاکستان¬ها است. در سطح گیاه¬هان گروهی از باکتری¬های اپی¬فیت به نام باکتری¬های تشکیل دهنده هسته یخ باعث ایجاد هسته¬های یخی در دماهای بالاتر از آستانه یخ¬زدن می¬شوند و حساسیت گیاهان را به دمای پایین تشدید می-کنند. در آزمایش اول جمعیت باکتری¬های اپی¬فیت از سطح جوانه¬های انگور با روش کشت محلول رقیق شده شستشوی سطحی جوانه¬ها بررسی گردید و باکتری¬های خالص شده شناسایی شدند. در آزمایش دوم محلول¬پاشی پاکلوبوترازول در غلظت¬های 125، 250، 500 و 1000 میلی¬گرم درلیتر روی رقم ’بیدانه سفید‘ در اواخر زمستان انجام شد. در آزمایش سوم محلول¬هایی با غلظت¬های 10 و 5 % از روغن سویا، 5/0 و 3/0 % از روغن ولک، "5/0 % روغن ولک + 10 % روغن سویا" و "3/0 % روغن ولک + 10 % روغن سویا" تهیه شد و در دو مرحله اوایل پاییز و اواخر زمستان روی رقم ’بیدانه سفید‘ محلول¬پاشی انجام گرفت. در آزمایش چهارم ارقام ’بیدانه سفید‘، ’بیدانه قرمز‘، ’لعل‘، ’صاحبی‘ و ’فخری‘ در طول زمستان و اوایل بهار از نظر شاخص¬های مقاومت به سرما بررسی شدند که این ارقام در طول زمستان زیر پوشش خاک قرار گرفتند. نمونه برداری فصل زمستان در ماه¬های آذر، بهمن و اسفند و نمونه برداری فصل بهار در ماه¬های فروردین و خرداد انجام گرفت. همه آزمایش¬ها در قالب طرح در کاملاً تصادفی (crc) انجام شد. برخی شاخص¬های بیوشیمیایی از جمله مقدار نشت الکترولیت¬ها، پرولین، مالون¬دی¬آلدهید، قند محلول، پروتئین کل و میزان فعالیت آنزیم¬های آنتی¬اکسیدان پراکسیداز، پلی¬فنل¬اکسیداز و آسکوربات¬پراکسیداز سنجیده شدند. در آزمایش اول مهمترین گونه باکتری خالص شده دارای فعالیت تشکیل هسته یخ pseudomonas fluorescens بود که فرکانس تشکیل هسته یخ آن برابر با یک هسته یخ در 106×9 سلول باکتری بدست آمد. جمعیت باکتری¬های اپی¬فیت سطح جوانه¬ها تا اواسط زمستان کاهش نشان داد و در اواخر اسفند همزمان با اواخر دوره رکود جوانه¬ها، افزایش یافت؛ اما با رشد جوانه¬ها تا مرحله 4-3 برگی دوباره کاهش نشان دادند. جمعیت باکتری¬ها تحت تاثیر محلول¬پاشی روغن¬های سویا و ولک کاهش یافت. از سویی دیگر مقاومت درونی رقم اثری روی میزان کمتر جمعیت سطحی باکتری¬های اپی¬فیت نگذاشت. در آزمایش دوم بررسی اثر محلول¬پاشی¬ها روی مقاومت گیاه به تنش دما¬های پایین نشان داد که مناسب¬ترین غلظت برای افزایش مقاومت به سرما در انگور رقم ’بیدانه سفید‘ 500 میلی¬گرم در لیتر می¬باشد. در آزمایش سوم نشان داد که غلظت¬های 3/0 % برای روغن ولک و 10 % برای روغن سویا و ترکیب آنها باعث بهبود شاخص¬های موثر در مقاومت گیاه به سرما در انگور رقم ’بیدانه سفید‘ شدند. در آزمایش چهارم نتایج تجزیه واریانس در فصل زمستان تفاوت معنی داری را در سطح 1 % در بین ارقام مورد بررسی از نظر میزان پرولین، نشت الکترولیت و قند محلول نشان داد و در فصل بهار در تمام شاخص¬ها تفاوت معنی¬داری در سطح 1 % وجود دارد. به علاوه بررسی ارقام انگور نیز نشان داد که رقم ’بیدانه قرمز‘ و ’لعل‘ به ترتیب بیشترین و کمترین مقاومت را نسبت به تنش دمای پایین در بین ارقام مورد بررسی داشتند.

مقایسه تاثیرات فیزیولوژیکی برخواص آنتی باکتریال گیاه گشنیز قبل و بعد از همزیستی با قارچ شبه میکوریزای piriformospora indica
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه ملایر - دانشکده علوم پایه 1393
  کبری موسی بیگی   آرش بابایی

گیاه گشنیز(l.coriandrum sativum) متعلق به خانواده جعفری یا چتریان (apiaceae or umbelliferae) است. این گیاه دارویی، با ساقه ای افراشته، شیاردار و منشعب است .برگ ها متناوب و به طور شانه ای بوده و برگ های فوقانی دارای بریدگی های خطی هستند. میوه فندقه و دو قسمتی می باشد. گیاه گشنیز دارای عادت رشدی نیمه محدود یعنی حد وسط گیاهان رشد محدود و گیاهان رشد نامحدود است. کشف و معرفی قارچ اندوفیت جدیدی به نام piriformospora indica از صحرایthar کشور هندوستان که دارای توان همزیستی با بسیاری از گیاهان زراعی و نیز قادر به رشد در محیط های کشت مصنوعی است، نقطه روشنی در این علم ایجاد کرد و محققان فعال در عرصه میکوریز را امیدوار به کشت و تکثیر این قارچ شبه میکوریزی بدون نیاز به کشت همراه با گیاه میزبان نمودند. در این پژوهش تاثیر همزیستی این قارچ با گیاه گشنیز و اثرات فیزیولوژیکی و ضد باکتریایی گیاه قبل و بعد از تلقیح با قارچ مورد نظر مورد بررسی قرارگرفت. نتایج پژوهش هر چند که روی مقدار کلروفیل و کاروتنویید تغییراتی را بعد از تلقیح نشان داد اما این تغییرات به لحاظ آماری(آنالیز با نرم افزار sas) تفاوت معنی داری را نشان نداد. اما در مورد پرولین این اختلاف معنی دار بود و این نشان دهنده ی آن است که گیاه گشنیز بعد از تلقیح با قارچ نسبت به تنش خشکی مقاومت بیشتری را از خود نشان می دهد. همچنین مقایسه نتایج سنجش خاصیت ضد باکتریایی روی چهار باکتری گرم مثبت و گرم منفی روی نمونه های شاهد و تلقیح شده تفاوت معنی داری را نشان نداد. اما نتایج حاصل از اندازه گیری طول ریشه و ارتفاع اندام هوایی، همچنین وزن خشک گشنیز در گیاه تلقیح شده با قارچ نسبت به شاهد تفاوت معنی داری را نشان داد. درکل طبق سنجش های انجام شده می توان نتیجه گرفت این قارچ شبه میکوریزی با گیاه گشنیز همزیستی دارد و بعضی خصوصیات مانند طول ریشه، ارتفاع اندام هوایی، وزن خشک و مقدار پرولین را نیز افزایش می دهد اما روی خاصیت ضد باکتریایی گشنیز تاثیر خاصی ندارد.

جداسازی و شناسایی آسینتوباکتر spp در بیماران متصل به دستگاه تنفس مکانیکی بستری در بخش icu بیمارستان مباشر کاشانی همدان و تعیین الگوی پلاسمیدی آنها
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1379
  آرش بابایی   مرتضی ستاری

در بین عفونتهای بیمارستانی در 20 سال اخیر، یکی از باکتریها که پس از سودوموناس بعنوان عامل عفونتهایی با مقاومتهای چند گانه مطرح است آسینتوباکتر می باشد. یکی از معضل آفرینهای این باکتری در عفونتهای بیمارستانی کلونیزاسیون در دستگاه تنفس مکانیکی و وسایل مرتبط با آن می باشد که می تواند زمینه ساز ایجاد پنومونی در بیماران بستری در بخش icu بیمارستانها گردد. این باکتری در محیط بیمارستانی برای مدت طولانی قادر به حیات بوده و به صورت باکتری فرصت طلب از طریق ناقل انسانی و یا اشیاء در بین بیماران انتقال می یابد. هدف از این پژوهش جلب توجه اذهان دست اندرکاران علم میکروبیولوژی و بیماریهای عفونی به سمت باکتری آسینتوباکتر به عنوان یکی از عوامل عفونتهای بیمارستانی بسیار مقاوم نسبت به انواع آنتی بیوتیک ها بخصوص در بین بیماران متصل به دستگاه تنفس مکانیکی بستری در بخش icu که به دلایل مختلف به این دستگاه متصل شده اند و پیامد مشکل اولیه شان در معرض ابتلا به پنومونی آسینتوباکتریایی قرار می گیرند می باشد. روش تحقیق براساس نمونه برداری از بیمارانی که حداقل 24 ساعت از اتصال آنان به دستگاه تنفس مکانیکی آنها سپری شده است ، محیط بخش icu و پرسنل مرتبط با بیماران می باشد. این نمونه برداری و کشت و آنتی بیوگرام از نقاط مختلف شامل آب مقطر دمی و بازدمی دستگاه، لوله تراشه بیمارانی که به دلیل بهبودی و یا فوت اکستوبه می گردند، ترشحات حاصل از ساکشن ریه بیماران، گلو، بینی، سطح خارجی سوند ادرار که حداقل پس از 24 ساعت از بیمار جدا می شود، زخم بستر، پمپ تنفسی دستی یا آمبوبک های مورد استفاده در فواصل موقت دستگاه می باشد. نتیجه به دست آمده بدین قرار است که از 1800 مورد نمونه برداری از قسمتهای مختلف مربوط به 260 بیمار، محیط، وسایل و پرسنل بخش icu و تعیین جنس و گونه آنها و انجام تست آنتی بیوگرام روی نمونه های آسینتوباکتری، 86 مورد آسینتوباکتر جدا گردید (50 مورد مربوط به آ.کالکوآستیکوس و 36 مورد آ. لوفی) درصد حساسیت آنتی بیوتیکی بین کل آسینتوباکتری های جدا شده به قرار زیر بود: 50 درصد آسینتوباکترهای جدا شده پلاسمید بودند که بیشترین تعداد آسینتوباکترهای حاوی پلاسمید مربوط به آ. لوفی بود الکتروفورز این پلاسمیدها دو گروه به اندازه حدود 2-4kb و 10-15kb را نشان می دهد. الگوی مقاومت آنتی بیوتیک و اندازه پلاسمیدی در آسینتوباکتری های جدا شده از محیط بخش icu و بیماران متصل به دستگاه تنفس مکانیکی بستری در همان بخش درصد مشابهت زیادی را نشان می دهد که موید انتقال آسینتوباکتر در بین این دو محیط می باشد.