نام پژوهشگر: مژگان بنده پور

بررسی اثر hsp90 ? انسانی درشکل فضایی و ایمنی زایی پروتئینهای core ویروس hcv وhbsag ویروس hbv
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری - پژوهشکده محیط زیست 1388
  مژگان بنده پور   بهرام کاظمی

در سراسر دنیا بیش از 500 میلیون نفر به هپاتیتهای b و c مبتلا هستند. حتی گزارشاتی مبنی بر ابتلای افراد واکسینه به هپاتیت b نیز در نقاط مختلف وجود دارد. از طرفی با توجه به اینکه واکسن مناسبی بر علیه هپاتیت c وجود نداشته و یکی از مسائل مهم در پروژه واکسن ، یافتن ادجوانتی موثر و مناسب در واکسنهای انسانی است ،در این تحقیق خاصیت چپرونی و ادجوانتی پروتئین ساب یونیت بتایhsp90 انسانی مورد بررسی قرار گرفت. به این ترتیب که ژن پروتئین های coreویروس هپاتیت c و hbsag ویروس هپاتیت b در وکتور petduet-1 کلون شدند و از وکتور pgp1-2 حاوی ژن t7 rna polymerase برای بیان پروتئین شوک حرارتی hsp90انسانی استفاده گردید. تلفیقی از سه پروتئین core، hbsagو hsp90 به موشهای balbc تزریق شد و بعد از یک هفته سرم آنها از نظرمیزان total igg و igg2a بررسی گردید. دو هفته بعد از تزریق یادآور ، لنفوسیتهای غدد لنفاوی inguinal ،popliteal وطحال از نظر proliferation و ترشح سایتوکاینها در شرایطin vitro و ex vivo مورد بررسی قرار گرفتند. بعد از مطالعه سیستم ایمنی هومورال و سلولی حیوان وهمچنین ساختمان دوم پروتئینهای مذکور به این نتیجه رسیدیم که کمپلکسهای core/hbsag+hsp وcore+hbsag+hsp تولید total igg و igg2a را تحریک کردند. همخوانی proliferation لنفوسیتهای طحال با میزان igg2a بالا بود و پایداری آن در نوبت دوم خونگیری مشاهده گردیدو اختلاف آن با کمپلکسهای حاوی ادجوانت فروند معنی دار می باشد. ابتدا افزایش هر دو سایتوکاین il-4 و il-5را شاهد بودیم که نشانه تحریک سیستم ایمنی هومورال می باشد بدنبال آن کاهش il-4 نشانه عدم ایجاد ازدیاد حساسیت بود. تاثیر چپرون hsp در ساختمان پروتئینهای core وhbsag با cd و فلورومتر بررسی گردید که مشخص شد تاثیر آن بصورت پیچش صحیح پروتئینهای مذکور بعد از unfolding در اثر حرارت می باشد .

کلونینگ و بیان نوع نوترکیب پروتئین np آنفولانزا
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1391
  سمیه توکلی   مژگان بنده پور

در این تحقیق ژن np با استفاده از سایت www.encorbio.com/protocols/codon.htm به گونه ای طراحی شده است که حاوی نوکلئو تیدهای تغییر یافته مناسب میزبان ( e.coli) باشد. توالی ژن از طریق شرکت ندای فن سنتز گردید . ساب کلونینگ np در pet-22b: ابتدا ژن np و وکتور pet-22b با آنزیمهای noti و hindiii برش داده شده و ژن np از pge-vector خارج گردید.سپس وکتور و ژن فوق در واکنش ligation وارد گردیده و در e.coli سویه top 10 ترانسفورم گردیدند. کلونهای مختلف پس از استخراج پلاسمید با برش با آنزیمهای noti و hindiii و pcr برای داشتن اینسرت غربال گردیدند. بیان ژن np در e.coli : برای بیان ژن در e.coli ازسلول bl21 استفاده گردید. برای این منظور پلاسمید نوترکیب pet-22b/np در سلول bl21 ترانسفورم گردیده پس از کشت بیان پروتئین با افزودن iptg القا گردید. سلولها سپس در ساعات مختلف جمع آوری گردیده و بیان پروتئین از طریق الکتروفورز در ژل sds-page آنالیز گردید. وسترن بلاتینگ: پروتئین بیان شده در ژل sds-page الکتروفورز گردیده و با روش وسترن بلاتینگ به غشاء نیتروسلولز منتقل گردید. این غشا سپس با آنتی بادی پلی کلونال علیه his tag انتهای c پروتئین مجاور گردیده و واکنش با آنتی ژن موجود در غشا از طریق مجاور کردن آن با آنتی بادی ضد igg موش کونژوگه با پراکسیداز و سوبسترای dab مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: ساب کلونینگ np در pet-22b: با توجه به پیش بینی جایگاههای برش آنزیمی، از برش آنزیمی ژن np / pge-vector و وکتور بیانی pet-22b با آنزیمهای noti و hindiii برای کلونینگ استفاده گردید. کلونهای حاوی اینسرت بوسیله هضم با آنزیمهای noti و hindiii شناسایی گردیدند. . با توجه به اینکه ژن np bp 1500می باشد، انتظار داریم در صورت کلونینگ صحیح قطعه ای حدود bp 1500 از پلاسمید جدا شود. برای اطمینان کامل از وجود np در پلاسمید pet-22b، ساختار pet 22b-np با pcr تائید گردید. بیان ژنnp در : e.coli برای بیان ژن np ویروس آنفولانزا ، سازه ژنی pet 22b-npدر سلول بیانی bl21 ترانسفورم گردیده پس از القا برای تولید پروتئین نوترکیب بررسی گردیده پس از القا برای تولید پروتئین نوترکیب بررسی گردید. نتایج آزمایش فوق نشان داد که سازه ژنی فوق قادر به ابراز میزان بالایی از پروتئین np است که بصورت باندی قوی در نمونه های پس از القا در ژل sds-page دیده می شود وسترن بلاتینگ: در این آزمایش واکنش بین آنتی بادی و آنتی ژن به صورت یک با ند 60 کیلو دالتونی مربوط به پروتئین np در نمونه القا شده با iptg پس از گذشت 5 ساعت از زمان القا ظاهر گردید که نمونه کنترل فاقد آن بود.

کلون کردن و بیان ژن توکسین e باکتری کلستریدیوم بوتولینوم
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید مدنی آذربایجان - دانشکده علوم پایه 1391
  سمانه کاویی   بهرام کاظمی دمنه

بوتولیسم یک بیماری فلج کننده جدی و نادر است که به وسیله سم حاصل از باکتری کلستریدیوم بوتولینوم ایجاد می شود. هفت نوع سم بوتولیسم شناخته شده اند که با حروفa تاg نشان داده می شوند. تنها انواع a، b، e، f در انسان سبب بیماری می شوند. در حالی که انواع c و d عامل بیماری در دیگر جانداران می باشند. نوروتوکسین های کلستریدیوم بوتولینوم به صورت اختصاصی خانواده ای از پروتئین ها به نام snare را می شکنند و در نهایت عملکرد خود را توسط مسدود نمودن آزاد سازی انتقال دهنده عصبی استیل کولین در محل تلاقی اعصاب ماهیچه ای اعمال می کنند. ساختار این سموم اغلب به صورت تک زنجیره پلی پپتیدی می باشد که در تغییرات پس از ترجمه دچار شکست شده و ایجاد یک ساختار دو زنجیره ای شامل یک زنجیره سنگین ??? کیلودالتونی و یک زنجیره سبک ?? کیلودالتونی می کند که توسط یک پیوند دی سولفیدی کنار هم نگاه داشته می شوند. از لحاظ توپولوژیکی این نوروتوکسین ها از سه دومین تشکیل شده اند که شامل دومین اتصالی، دومین جابجایی و دومین کاتالیتیکی می باشد که به ترتیب شامل انتهای کربوکسیلی زنجیره سنگین، انتهای آمینی زنجیره سنگین و زنجیره سبک می باشد که هر یک از این ها در سم زایی نقش دارند. تحقیقات نشان داده که انتهای کربوکسیلی زنجیره سنگین هر یک از انواع سم های تولید شده توسط این باکتری، دارای قدرت بالایی در تحریک سیستم ایمنی بوده و می تواند گزینه مناسبی جهت تولید واکسن نوترکیب علیه این بیماری باشد. از این رو، در این مطالعه ژن مربوط به بخش hc توکسین نوع e، در وکتور بیانی petduet-1 کلون و پس از انتقال به سویه بیانی e-coli bl21 de3 بیان آن با القا توسط iptg صورت گرفت. سپس با استفاده از تکنیک های sds-page و وسترن بلات بیان مورد تایید قرار گرفته و پس از استخراج پروتئین نوترکیب با کروماتوگرافی تمایلی، توانایی فعالیت بیولوژیک آن با استفاده از گیرنده های سطح سلول های رده سلولی k562 تایید شد. لذا با توجه به جهانی بودن شیوع این بیماری و نیز خطر احتمالی بیوتروریسم با باکتری کلستریدیوم بوتولینوم توسط قدرت های جهانی، و از طرفی خطرات استفاده از توکسوئید این باکتری سمی به عنوان واکسن، تولید واکسن نوترکیب به منظور پیشگیری جوامع انسانی از خطر ابتلا، ضروری به نظر می رسد.

کلونینگ و بیان دو سابیونیت اینترلوکین 27 انسانی
thesis 0 1391
  آمنه کوچکی   رضا حاجی حسینی

چکیده: اینترلوکین 27il-27) (یک سایتوکاین جدید است که یکی از اعضای مشترک خانواده های اینترلوکین 12و 23 به حساب می آید و به وسیله سلول های عرضه کننده آنتی ژن (apcs) ترشح میشود. هترو دایمری شامل دو سابیونیت p28و(ebi3) epstein-barr-induced gene 3 است. مطالعات اخیر ظرفیت های جدیدی را برای il-27 از جمله تحریک خون سازی، افزایش بروز آنتی بادی یه وسیله سلول های عرضه کننده آنتی بادی آنتی بادی(apcs)، سرکوب رگ زایی در تومور های والد و متاستاز ها، سرکوب همانند سازی hiv را تشخیص داده است. از آنجا که il-27 از عوامل ضد التهاب است وتعداد لنفوسیت های th17 را کم و بیان il-17 را مهار میکند، به نظر میرسد میتواند به عنوان یک پتانسیل درمانی بر علیه بیماری های خود ایمنی معرفی شودو در درمان multiple sclerosis و rheumatoid arthritisبه عنوان دارو استفاده شود. توالی نوکلئوتیدی ژن های کد کننده دو سابیونیت تشکیل دهده اینتر لوکین 27 در وکتور پلاسمیدی سفارش داده شد. جهت کلون مجدد در وکتور بیانی، پلاسمید های حاوی ژن با پرایمر های دارای جایگاه اثربرای آنزیمهایbamh i و saci در برای ژن کد کننده ی p28و saciو noti برای ژن کد کننده یebi3 ،pcr شده ودر وکتور pet duet1 کلون گردید. پروتئین نوترکیب با القای iptgدر سلول بیانی باکتریایی بیان شد. پروتئین بیان شده با sds-page و western blotآنالیز و با آنتی بادی ضد his-tag مورد تائید قرار گرفت.

تولید نانوپارتیکل های باکتریو فاژی نوترکیب t7 بیان کننده اپی توپ ایمونولوژیک آنتی ژن توموری her-2 رت در سطح کپسید ویروس و ارزیابی ایمونولوژیک آن به عنوان سیستم تحویل رسانی پپتید در مدل توموری سرطان سینه موش balb/c
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1392
  سمیه پویان فرد   بهرام کاظمی

شناسایی آنتی ژن های وابسته به تومور (taa)، پایه مناسبی برای تولید واکسن های سرطان می باشد. از آن جاکه اکثر آنتی ژن های وابسته به تومور محصولات ژن های خودی هستند که در بافت های سرطانی به میزان زیادی بیان می شوند، این مساله چالش بزرگی پیش روی تولید واکسن های سرطان بوده چراکه استراتژی های واکسیناسیون موثر بایستی قادر به از بین بردن تولرانس ذاتی نسبت به آنتی ژن های خودی باشند. پروتئین her-2 عضوی از خانواده گیرنده فاکتور رشد اپیدرمی (egfr) بوده که اغلب در سرطان سینه انسانی افزایش بیان دارد و با افزایش رشد تومور، رگ زایی، قدرت تهاجمی بیشتر و مقاومت به درمان در ارتباط است. نشان داده شده است که تولرانس به آنتی ژن های خودی را می توان با به کارگیری بخش های خاصی از پروتئین مانند پپتید های تحریک کننده سیستم ایمنی سلولی، از بین برد. از آنجاکه این پپتید ها به خودی خود ایمونوژن ضعیفی می باشند، به کارگیری سیستم های حامل مانند نانوذرات باکتریوفاژی منجر به ارتقای ایمنی زایی واکسن های پپتیدی می گردد. در این پژوهش ایمنی زایی و اثرات ضد توموری نانوذرات فاژ t7 بیان کننده اپی توپ ctl مشتق از انکوپروتئین her-2 رت (p66) در موش balb/c بررسی شده است. نتایج بیانگر این بود که نانوذرات فاژ t7 موجب افزایش ایمنی زایی اپی توپ p66 شده که این مساله با افزایش ترشح اینترفرون گاما و سایتوتوکسیسیتی اختصاصی نشان داده شد. علاوه براین، نانوذرات نوترکیب فاژی موجب القای اثر محافظتی بر علیه چالش با تومور her-2 مثبت در مدل پیشگیری کننده و درمانی شدند که این امر با رد موفقیت آمیز تومور در مدل پیشگیری کننده و کاهش معنی دار رشد تومور در مدل درمانی در موش های balb/c همراه بود. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می دهد که نانوذرات فاژ t7 به عنوان حامل اپی توپ ctl می تواند به عنوان یک رویکرد و روشی امید بخش در طراحی و گسترش واکسن های سرطان بر پایه اپی توپ های تحریک کننده سیستم ایمنی سلولی مد نظر قرار بگیرند.

ساخت سازه مهندسی جهت بیان انسولین درشرایط in vitro
thesis وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی - دانشگاه علوم پزشکی اراک - دانشکده پزشکی اراک 1393
  شیواسادات غفلت   بهرام کاظمی دمنه

عنوان:ساخت سازه مهندسی جهت بیان انسولین درشرایط in vitro مقدمه: دیابت بیماری است که در جهان شیوع بسیاری دارد، از این رو تلاش های مستمری جهت درمان بیماری با روش های مختلف صورت گرفته است . ژن درمانی به دلیل پایداری بهتر نسبت به سایر روش ها اهمیت زیادی دردرمان دیابت بویژه دیابت نوع iپیدا کرده است. وجود یک روش درمانی ایمن و کارآمد همواره مد نظر محققین بوده که با وجود تلاش های فراوان تاکنون این امر محقق نشده است. تعداد مبتلایان به دیابت در ایالات متحده 17 میلیون نفر ( 3/6 درصد از کل جمعیت آمریکا ) تخمین زده شده است که با توجه به شیوع و گسترش این بیماری پیش بینی شده است که تا سال 2050 به صورت یک اپیدمی درآید.درایران نیز تعداد افراد دیابتی به 7 میلیون نفر می رسد. برطبق گزارشات مختلف سازمان بهداشت جهانی میزان هزینه مورد نیاز برای درمان بیماران دیابتی در سطح جهان یک ششم کل هزینه های مربوط به مراقبت های بهداشتی را شامل می شود. در حال حاضر طیف وسیعی از افراد در جهان به این بیماری مبتلا بوده و طبق آمار سازمان بهداشت جهانی تا سال 2025 جمعیتی بالغ بر 300 میلیون نفر در جهان به این بیماری مبتلا خواهند شد. هدف از این مطالعه ساخت یک وکتور مناسب جهت ژن درمانی بویژه ژن درمانی دیابت است که معایب و عوارض وکتورهای موجود را نداشته و کارآیی بهتری نیز داشته باشد. از ویژگی های این سازه مهندسی شده می توان به جایگزینی هدفمند در داخل ژنوم و قابلیت استفاده در ژن درمانی بیماری های مختلف اشاره کرد. روش کار: در این مطالعه از یک وکتور پایه جهت طراحی سازه مورد نظر استفاده شده است. این سازه شامل چهار بخش می باشد که دو بخش انتهایی آن همسان با توالی ژن rdna بوده و دو بخش دیگر ژن انسولین و پروموترlpk می باشند. برای هر یک از این قطعات پرایمر اختصاصی با جایگاه آنزیمی ویژه جهت اتصال طراحی شد. در آخر قطعات در کنار یکدیگر در یک وکتور قرار داده شدند، سپس با برش آنزیمی سازه از وکتور پایه جدا و با روش الکتروپوریشن به داخل سلول فرستاده شد. در ادامه حضور ژن انسولین در داخل ژنوم با استفاده از pcr تایید و بررسی بیان ژن با روش لکه گذاری وسترن انجام شد .

ایجاد فرم کایمریک در ژن لیپاز باکتریایی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1393
  مریم روحی   مژگان بنده پور

لیپازهای میکروبی با توانایی فعالیت هم در محیط آبی و هم غیر آبی می توانند در صنایع نسبت به آمیلازها و پروتئازها از اهمیت ویژه ای برخوردار شوند. در مورد فعالیت لیپازها، لیپازهای باکتریایی از اهمیت بیشتری برخوردار هستند و طیف وسیعی از فعالیت ها را )در صنعت شوینده، مواد لبنی، آرایشی بهداشتی و....( انجام می دهند. هدف از انجام این تحقیق دستیابی به آنزیم موتانت لیپاز با کارایی و سرعت بالا در عملکرد می باشد. برای رسیدن به این فرم موتانت از روش تصادفی استفاده می شود که یکی از مکانیسم های موجود در تکامل است و تا به حال پروتئین های بسیاری در تحقیقات انجام شده به این ترتیب بهینه شده اند. این تحقیق اثر بسیار مهمی در صنعت خواهد داشت و از ورود کالاهای خارجی مرتبط جلوگیری خواهد کرد. موتاسیون صورت گرفته در دو باکتری باسیلوس سوبتیلیس و سودوموناس آئروژینوزا طراحی شده است جهش ها تغییراتی در توالی dna هستند که می توانند در هر ناحیه ای از dna رخ دهند. اگر چه تنها زمانی تغییرات فنوتیپی در موجود زنده مشاهده می شود که جهش در توالی یک ژن رخ دهد. واژه موتاسیون در لاتین به معنای دگرگونی عمده و اساسی و ناگهانی است. الل های مختلف می توانند در هر لوکوس ژنتیکی قرار بگیرند و الل نوع وحشی شایع ترین فنوتیپ موجود در یک جمعیت را ایجاد می کند. الل ها را می توان بر اساس توالی dna آنها از یکدیگر تمایز داد. الل نوع وحشی دارای یک توالی بوده و تمامی الل های جهش یافته دارای توالی هایی قدری متفاوت می باشند. جهش، پدیده ای کمیاب است، جهش ها در باکتری ها به مراتب سخت تر از موجودات عالی اتفاق می افتد. به هر حال، بودن پاره ای از عوامل محیطی باعث افزایش فراوانی جهش ها می شود. به طور کلی هر ژن دارای ویژگی های جهشی ویژه است.