اطلاعات مربوط به مقدار تنوع ژنتیکی در ژرم¬پلاسم و ارتباطات ژنتیکی بین ژنوتیپ¬ها برای بررسی و طراحی برنامه¬های اصلاحی بسیار حائز اهمیت می¬باشد و می تواند برای کمک به شناسایی و توسعه ژرم¬پلاسم به¬کار رود و موجودیت ارقام را تعریف کند. بنابراین جهت مدیریت و کاربرد موثر منابع ژرم¬پلاسم، درک کامل دامنه و ساختار تنوع ژنتیکی جمعیت موردنظر ضروری است با توجه به اهمیت شناسایی و گروه¬بندی ژرم¬پلاسم¬ها، در این تحقیق کارایی 7 نشانگر issr، 5 نشانگر رتروترانسپوزون، و 11 نشانگر ترکیبی issr و رتروترانسپوزون در 40 ژنوتیپ کلزا، مورد ارزیابی قرار گرفتند. از 23 آغازگر 93 باند چند شکل ایجاد شد. از بین آغازگرها، آغازگر ubc827 با تعداد 9 باند بیش ترین تعداد باند، و آغازگرهای ubc825، ubc807، tos2 و tos3 با تعداد 4 باند کمترین تعداد باند را برای آغازگرهای issr و رتروترانسپوزون داشتند. آغازگر ترکیبی tos3+ubc827 با تعداد 7 باند بیشترین و آغازگر ترکیبی tos3+ubc807 با تعداد 3 باند کمترین تعداد باند را در بین آغازگرهای ترکیبی issr و رتروترانسپوزون داشتند. درصد چندشکلی به دست آمده در این بررسی برای نشانگرهای issr، رتروترانسپوزون و آغازگرهای ترکیبی issr و رتروترانسپوزون از 50 تا 100 درصد متغیر می باشد و میانگین درصد چندشکلی برای این برابر با 78/90 می باشد. بالا بودن معیارهای تنوع ژنی نی، شاخص شانون، میزان pic و تعداد آلل موثر برای آغازگرهای ubc834، ubc807 و آغازگرهای ترکیبی tos1+ubc808 ، tos2+ubc807 و tos1+ ubc827 نشان دهنده کارایی بالای این آغازگرها در ارزیابی تنوع ژنتیکی در این تحقیق می باشد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای به روش دورترین همسایه با معیار فاصله جاکارد با استفاده از داده های حاصل از آغازگرهای issr، رتروترانسپوزون و آغازگرهای ترکیبی issr و رتروترانسپوزون 40 ژنوتیپ مورد مطالعه را در 6 گروه قرار داد که گروه ها به ترتیب شامل 2، 1، 27، 3، 3 و 4 ژنوتیپ می باشند، که در بین این گروه ها، گروه سوم بزرگترین گروه می باشد. صحت گروهبندی حاصل از تجزیه خوشه ای توسط تجزیه تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر با 5/92 درصد تأیید شد. تجزیه به مختصات اصلی نیز نشان داد که بردارهای اصلی اول و دوم با 72/8 و 84/7 و 17 بردار اول در مجموع 91/68 درصد تنوع کل را توجیه کردند.