نام پژوهشگر: محمدهادی سخاوتی

تعیین توالی و آنالیزهای بیوانفورماتیکی بخشی از پروموتور ژن بتاکازئین در شترهای تک کوهان و دو ‎کوهان ایران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1392
  الیاس محمدی   مجتبی طهمورث پور

هدف از انجام این مطالعه توالی یابی و بررسی قسمتی از پروموتور ژن بتا کازئین و همچنین بررسی تفاوت های تک نوکلئوتیدی (snps) ممکن این توالی ژن در دوگونه شتر تک کوهانه و دو کوهانه ایران بود. تعداد 10 عدد نمونه خون شتر نر و ماده تک کوهانه از کشتارگاهی در مشهد، همچنین تعداد 5 عدد نمونه خون شتر های نر و ماده دو کوهانه از ایستگاه تحقیقات منابع طبیعی و امور دام استان اردبیل واقع در روستای جهاد آباد تهیه گردید. پس از عمل استخراج dna واکنش pcr برای هریک از نمونه ها توسط پرایمرهای اختصاصی انجام شد و عمل توالی یابی با استفاده از محصولات pcr انجام شد. توالی های مورد توافق برای هریک از شترهای تک کوهانه و دوکوهانه بدست آمد. با استفاده از همین توالی های مورد توافق ترکیب نوکلئوتیدی، بررسی های فیلوژنتیکی و سایر بررسی ها انجام شد. بر اساس مقایسه توالی های بدست آمده در این مطالعه با توالی ثبت شده در پایگاه اطلاعاتی ncbi مشخص شد که توالی قسمتی از پروموتور ژن بتا کازئین، چهار جهش را نشان می دهد که یکی از آن ها در ناحیه پروتئین بایندینگ قرار گرفته بود و جهشی دیگر در ناحیه 516- به وقوع پیوسته که در پروموتور ژن بتا کازئین گاو هم مشاهده شده بود. در مرحله بعد بیشترین شباهت مربوط به camalaus bactrian بود. همچنین توالی بدست آمده قسمتی از پروموتور ژن بتا کازئین شتر دوکوهانه بیشترین شباهت را با توالی این ژن در شتر تک کوهانه داشت. در ناحیه پروموتور توالی ژن بتا کازئین شتر دو کوهان دو جهش مشاهده شد. توالی یابی10 نمونه مختلف پروموتور ژن بتا کازئین از شتر تک کوهانه و 5 نمونه مختلف از شتر دوکوهانه به ما این اجازه را داد که تعدادی تفاوت تک نوکلئوتیدی را در این ژن شناسایی کنیم. بررسی ها پنج نوع هاپلوتایپ را در شتر های تک کوهانه و سه هاپلوتایپ را در شترهای دو کوهان نشان داد. همچنین مقایسه توالی های مورد توافق شتر تک کوهانه و دو کوهانه 2 اختلاف تک نوکلئوتیدی را بین این دو گونه مشخص کرد.

تعیین توالی و آنالیزهای بیوانفورماتیکی بخشی از اگزون و اینترون شماره هفت ژن بتاکازئین در شترهای تک کوهانه و دوکوهانه ایران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1393
  مجتبی گلقندشتی   محمدهادی سخاوتی

هدف از این مطالعه، بررسی ژنتیکی و فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی بخشی از اگزون و اینترون شماره 7 ژن بتاکازئین شترهای تک کوهان و دو کوهان ایرانی بود.کازئین بخش اصلی پروتئین های شیر می باشد که به صورت چندین شکل مولکولی (?s1, ?s2, ? and ?) با واریانت های آللی متنوع می باشد. بتاکازئین برای ساختار میسل های کازئین مهم می باشد و پلی مورفیک ترین ژن پروتئین موجود در شیر می باشد. برای انجام این تحقیق تعداد 10 نمونه خون شتر تک کوهانه از کشتارگاه مشهد و تعداد 5 نمونه خون شتر دو کوهانه از مرکز اصلاح نژاد شهر مشکین شهر استان اردبیل جمع آوری شد. پس از استخراج dna، تکثیر قطعه 927 جفت بازی از ناحیه ژنی بتاکازئین با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز و پرایمرهای اختصاصی طراحی شده براساس روش استاندارد انجام گردید. توالی یابی نواحی تکثیر شده به روش اتوماتیک سانگر صورت گرفت و به منظور تعیین فاصله ژنتیکی با توالی های حاصل از مطالعات دیگر، مورد مقایسه قرار گرفتند. دو تفاوت تک نوکلئوتیدی در اگزون شماره هفت و همچنین دو تفاوت تک نوکلئوتیدی در اینترون شماره 7 شترهای ایرانی در مقایسه با توالی قبلی شتر تک کوهان ثبت شده در ncbi مشاهده شد. همچنین نتایج آزمون فیلوژنتیکی با استفاده از روش neighbor-joining نشان داد شتر ایرانی بیشترین شباهت را با گونه شتر تک کوهانه ثبت شده در ncbi دارا می باشد.

تعیین توالی، جداسازی و بررسی های بیوانفورماتیکی بخشی از ناحیه تنظیمی (پروموتوری) در ژن ?-لاکت آلبومین در شترهای تک کوهان و دوکوهان ایران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1393
  مریم راعی طرقی   مجتبی طهمورث پور

منابع پروتئینی در تغذیه انسان نقش مهمی دارند. شیر شتر یکی از منابع پروتئینی غنی به شمار می آید. ? –لاکت آلبومین یکی از پروتئین های مهم آب پنیر شیر شتر می باشد . نواحی کد کننده ، نواحی هستند که در بیان ژن اهمیت ویژه ای دارند . به این دلیل هدف از این تحقیق بررسی ساختار ناحیه تنظیمی ژن ?–لاکت آلبومین به طول حدود 1020 نوکلئوتید می باشد که احتمالاً در 2 گونه شتر تک کوهانه و 2 کوهانه ایران به مقدار زیادی مشابه می باشد. 10 نمونه خون از شتر تک کوهانه و 5 نمونه خون از شتر 2 کوهانه جمع آوری شد. ناحیه مورد نظر با استفاده از آغازگر های اختصاصی تکثیر و توالی یابی شد. پس از تجزیه و تحلیل به دست آمده ، 5 هاپلوتایپ در نژاد های تک کوهانه و 3 هاپلوتایپ در نژاد های 2 کوهانه مشاهده گردید. همچنین 7 ناحیه تنظیمی در نژاد تک کوهانه و 7 ناحیه تنظیمی در نژاد دو کوهانه مشاهده شد.