چکیده در تحقیق حاضر، ساختار ژنتیکی مرغ¬های بومی خراسان رضوی در دو بخش ژنتیک کمی و مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. در بخش اول، پارامترهای ژنتیکی صفات عملکردی با استفاده از روش آماری بیزی مبتنی بر نمونه¬گیری گیبس با نرم¬افزار gibbs3f90 تخمین زده شد. برای این منظور، تعداد 19000 رکورد مربوط به نسل¬های پنجم، ششم و هفتم مرغان بومی خراسان رضوی مورد استفاده قرار گرفت. وراثت¬پذیری و همبستگی¬های ژنتیکی و فنوتیپی بین صفات با استفاده از مدل¬های حیوانی تک و دو صفتی برآورد گردید. وراثت¬پذیری وزن 8 و 12 هفتگی، سن و وزن بلوغ جنسی، وزن و تعداد تخم¬مرغ به ترتیب 37/0، 40/0، 30/0، 31/0، 46/0 و 11/0 برآورد شد. همبستگی ژنتیکی وزن 8 و 12 هفتگی، وزن بلوغ جنسی و وزن تخم¬مرغ با سن بلوغ جنسی مثبت بود. بنابراین، با توجه به همبستگی ژنتیکی نامطلوب بین سن بلوغ جنسی و صفات رشد، مورد توجه قرار دادن سن بلوغ جنسی در شاخص انتخاب، برای بهبود صفات اقتصادی مرغ¬های بومی خراسان رضوی ضروری به نظر می¬رسد. همبستگی ژنتیکی تعداد تخم¬مرغ با تمام صفات مورد بررسی منفی بود. در بخش دوم این تحقیق، به منظور تعیین چندشکلی ژن فسفوانول¬پیروات-کربوکسی¬کیناز سیتوزول (pepck-c) و ارتباط آن¬ها با صفات اقتصادی از 100 مرغ مرکز اصلاح-نژاد مرغ بومی خراسان رضوی خونگیری شد. dna به روش نمکی بهینه¬یافته استخراج و سپس با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی، قطعه¬ای با طول 1000 جفت باز تکثیر شد. این قطعه از پروموتر تا اگزون شماره 3 ژن pepck-c را پوشش می¬دهد. به منظور تعیین ژنوتیپ¬های مختلف، روش pcr-rflp با استفاده از آنزیم برشی bste ? به¬کار گرفته شد. برای بررسی ارتباط چند-شکلی این ژن با صفات اقتصادی از رویه glm، نرم¬افزار sas استفاده شد. ژنوتیپ¬های aa، ab و bb به ترتیب با فراوانی 46/0، 35/0 و 19/0 در این جمعیت مشاهده شد. چند¬شکلی ژن pepck-c اثر معنی¬داری بر صفات وزن تولد، وزن در 8 و 12 هفتگی، وزن بلوغ جنسی و میانگین وزن تخم¬مرغ بین 28 تا 32 هفتگی داشت. اثر چندشکلی این ژن بر دیگر صفات مورد مطالعه معنی¬دار نبود. پرندگان با ژنوتیپ bb بالاترین وزن تولد، وزن در 8 و 12 هفتگی، وزن بلوغ جنسی و میانگین وزن تخم¬مرغ را داشتند. براساس نتایج این تحقیق انتخاب براساس چند¬شکلی ژن pepck-c می¬تواند در بهبود ژنتیکی صفات وزن بدن و وزن تخم¬مرغ در مرغان بومی خراسان رضوی موثر باشد.