در این تحقیق ساختار و تنوع ژنتیکی گوسفندان نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک با استفاده از تحلیل شجره مورد بررسی قرار گرفت. اطلاعات شجره ای ثبت شده برای گوسفندان لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک جهت برآورد سطح تکامل شجره، فاصله نسل، ضریب همخونی و همتباری، اندازه موثر جمعیت و پارامترهای احتمال منشا ژن شامل حیوانات بنیان گذار، تعداد موثر حیوانات بنیان گذار، تعداد موثر ژنوم حیوانات بنیان گذار، تعداد موثر اجداد، مورد استفاده قرار گرفت. میانگین فاصله نسل در سه نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 23/4، 50/4 و 85/4 سال برآورد شد. تعداد نسل های کامل برای نژادهای لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 8، 5 و 11 نسل برآورد شد. میانگین همخونی در هر سه نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 56/0، 09/0 و 01/5 بود. ضریب همتباری در گوسفندان نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 76/0، 35/0 و 71/4 بود. اندازه موثر جمعیت در گوسفندان نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک 249، 284 و 26 راس محاسبه شد. تعداد حیوانات بنیان گذار در هر سه نژاد لری-بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 506، 406 و 167 راس بود. تعداد موثر حیوانات بنیان گذار در هر سه نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک 105، 209 و 22 راس بود. تعداد موثر اجداد در گوسفندان نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 90، 73 و 17 راس محاسبه شد. تعداد اجدادی که 50 درصد تنوع ژنتیکی جمعیت مورد مطالعه از آنها منشاء گرفته است در نژاد لری-بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 35، 26 و 11 راس برآورد شد. تعداد موثر ژنوم حیوانات بنیان گذار در هر سه نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 65، 144 و 11 راس برآورد شد. میزان مشارکت حیوانات بنیان گذار و اجداد اصلی در ایجاد جمعیت کنونی در هر سه نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک، نامتعادل بود که می تواند باعث کاهش تنوع ژنتیکی شود.