اسید سالیسیلیک و متیل جاسمونات به عنوان دو هورمون گیاهی با القای سنتز آنزیم فنیل آلانین آمونیالیاز و تحریک تولید و تجمع پروتئین کیناز ها، اکسیژن های رادیکال آزاد، مونو اکسید ازت، تنظیم اسیدیته سلول و تجمع اسمولیت هایی مانند پرولین نقش به سزایی در تولید متابولیت های ثانویه ایفاء می کنند. در پژوهش حاضر اثر محرک های اسید سالیسیلیک (sa) و متیل جاسمونات (meja) به عنوان تحریک کننده بر فعالیت آنزیم فنیل آلانین آمونیالیاز (pal)، تجمع اسید آمینه پرولین، درصد مهار رادیکال های آزاد و محتوای فنلی و فلاونوئیدی کالوس کنگرفرنگی مورد بررسی قرارگرفت. به این منظور sa و meja در پنج سطح 0، 50، 100، 200، 250 میکرومولار در قالب آزمایش فاکتوریل بر پایه طرح کاملا تصادفی در محیط کشت کالوس مورد استفاده قرار گرفتند. طبق نتایج حاصله تغییرات فعالیت آنزیم pal، محتوای ترکیبات فنیل پروپانوئیدی و تجمع پرولین تحت تاثیر نسبت ‏های مختلف محرک قرار داشته و نسبت به هم همبستگی مثبتی نشان دادند. تحت تاثیر تیمار 100 میکرومولار meja حداکثر تجمع فنل کل، فلاونوئید و پرولین مشاهده شد. با افزایش سطوح متیل جاسمونات از این مقدار،کاهش محتوای ترکیبات فنلی و میزان پرولین را به همراه داشت. در مقابل در نمونه های تیمار شده با sa افزایش غلظت، سبب افزایش ترکیبات فنیل پروپانوئیدی شد. به طوریکه تحت تاثیر تیمار 200 میکرومولار حداکثر میزان فنل تجمع یافت. البته بین تیمارهای 100،200 و250 میکرومولار sa اختلاف معنی داری مشاهده نشد. اثر متقابل sa و meja نیز کاملا معنی دار بوده و غلظت‏های 50 میکرومولار sa و 50 میکرومولار meja و همچنین غلظت اسید سالیسیلیک 100 میکرومولار و meja 50 میکرومولار حداکثر میزان ترکیبات فنیل پروپانوئیدی را داراست. همبستگی مثبت فعالیت آنزیم pal و تجمع ترکیبات فنلی بیانگر نقش کلیدی pal در بیوسنتز ترکیبات فنلی در گیاه کنگرفرنگی است. با توجه به نتایج بدست آمده بیان می‏شود که آنزیم pal به عنوان اولین و مهم ترین آنزیم در تولید ترکیبات پلی‏فنلی تحت تاثیر تیمارهای اعمال شده قرار داشته و با بهینه سازی غلظت الیستورها می ‏توان به تغییر ترکیبات بیوشیمیایی در جهت حصول بیشتر به متابولیت‏ های ثانویه کنگرفرنگی در شرایط درون شیشه ‏ای دست یافت.