نام پژوهشگر: شاهرخ کاظم پور اصالو

مطالعه تاکسونومی نماتدهای دو خانواده nordiidae و longidoridae در شمال ایران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده کشاورزی 1392
  مجید پدرام   ابراهیم پورجم

تاکسونومی نماتدهای دوخانواده longidoridae و nordiidae در شمال ایران مورد مطالعه قرار گرفتند. در کنار شناسایی های کلاسیک، آزمون pcr برای تکثیر ناحیه 28s rdna d2/d3 برای برخی تاکسون ها به عمل آمد. پس از توالی یابی محصولات pcr، از دو روش maximum likelihood و bayesian برای ترسیم درخت های فیلوژنی استفاده شد. در این مطالعه تعداد 44 گونه از اعضای دو خانواده (24 گونه از longidorid ها و 20 گونه از nordiid ها) یافت شد که بیشترین پراکنش از خانواده nordiidae مربوط به دو گونهenchodelus longispiculus و heterodorus brevidentatus با بیش از 10 جمعیت و از خانواده longidoridae مربوط به گونه های longidorus africanus، l. profundorum و l. pisi از جنسlongidorus و x. index، x. mazandaranense و x. vuittenezi از جنس xiphinema در نقاط مختلف شمال ایران بود. گونه های یافت شده در این مطالعه به شرح زیر می باشند: 1. enchodelus sp. 1 2. e. babakicus 3. e. decraememerae* 4. e. groenlandicus 5. e. longispiculus 6. e. microdoroides 7. e. sardashtensis * 8. enchodorus dolichurus 9. heterodorus arcuatus 10. h. brevidentatus 11. h. morgensis 12. h. veletensi 13. longidorella (saevadorella) sp. 14. longidorella (enchodorella) macramphis 15. l (e). microdorus 16. l (e). murithi 17. l (e). cf mirth 18. longidorus sp. 1 19. longidorus sp. 2 20. longidorus sp. 3 21. l. aetnaeus 22. l. africanus 23. l. elongates. 24. l. euonymus 25. l. moesicus 26. l. orientalis 27. l. pisi 28. l. profundorum 29. paralongidorus bikanerensis 30. p. iranicus * 31. pungentus engadinensis 32. rhyssocolpus sp. 1 33. rhyssocolpus vinciguerrae* 34. xiphinema sp. 1 35. x. aceri 36. x. castilloi * 37. x. diversicaudatum 38. x. granatum* 39. x. index 40. x. mazandaranense * 41. x. montenegrinum 42. x. robbinsi 43. x. vuittenezi 44. x. zagrosense گونه های شماره 1، 3، 7، 13، 18، 19، 20، 30، 32، 33، 34، 36 ،38 و 40 برای فون نماتدهای جهان جدید می باشند که گونه های مشخص شده با علامت * اکنون چاپ شده اند. گونه های شماره 4، 5، 6، 9، 10، 11،15، 25، 29 و 31 برای فون نماتدهای ایران جدید می باشند. واژه های کلیدی: شمال ایران، nordiidae، longidoridae، فیلوژنی

فیلوژنی مولکولی قبیله های boragineae و lithospermeae با تاکید بر سرده (boraginaceae s.str.) onosma بر اساس توالی های هسته ای nrdna its در ایران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم 1390
  نسیم سعادتی   شاهرخ کاظم پور اصالو

تیره (subfamily boraginoideae=) boraginaceae s. str دارای 100 سرده و حدود 1600 گونه در دنیا با مرکز پراکنش در اوراسیا می باشد . در فلور ایران 36 سرده و 180 گونه از آن معرفی شده است . onosma l. با 150 گونه ، بزرگترین سرده در زیر تیره boraginoideae درقبیله lithospermeae قرار می گیرد. در این تحقیق 80 گونه مورد آنالیز قرار گرفت از جمله 3 گونه از echiochileae ، 14 گونه از قبیله boragineae و 32 گونه از قبیله lithospermeae ، 10 گونه از قیبله cynoglosseae و 15 گونه از قیبله erithrichieae به همراه سرده هایheliotropium bacciferum forssk. وtournefortioa rubicund salzm.ex dc به عنوان برون گروه در نظر گرفته شده اند همچنین در آنالیز جدا 59 گونه از سرده onosma بررسی شدند. نواحی nrdna its برای قبیله های boragineae و echiochileae همچنین lithospermeae با تاکید بر سرده onosma و trnh-psba برای گونه های onosma با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز به همراه پرایمرهای همگانی مربوطه تکثیر و توالی یابی گردید و به کمک برنامه muscle همردیف سازی شدند. بازسازی فیلوژنی با استفاده از مدل تکاملی gtr + i+gو روش بایسین،بیشینه پارسیمونی و بیشینه احتمال انجام گرفت.آنالیز تعیین زمان واگرایی سرده ها و گونه ها نیز توسط نرم افزار beast انجام گرفت. آنالیز داده های nr dna its نشان می دهد زیرتیره boraginoideaeدر ایران به 4 قبیله echiochileae, boragineae, lithospermeae, cynoglosseae s.l تقسیم می شود. در این میان قبیله های lithospermaea و boragineae کلاد های خواهری تشکیل می-دهند، echiochileae کلاد پایه ای در زیرخانواده boraginoideae است. قبیله های lithospermeae و echiochileae با حمایت بالا تک تبارند و boragineae با خروج suchtelenia تک تبار می باشد. سردهkar.ex meisner. suchteleniaدر این تحقیق با توجه به آنالیز cpdna trnl-f و nrdna its باa. dc. heterocaryum از cynoglosseae s.l. مترادف شد. گونه onosma orientalis) (syn podonosma orientalis شاخه خواهری کلاد alkanna است.onosma در ایران تک تبار نمی باشد، به طوری که گونه-های آن در 3 کلاد جداگانه قرار می گیرند.زیربخشه های onosma و asterotricha تک تبار نبوده بنابراین صفت کرک در تقسیم بندی onosma مصنوعی است.onosma rostellata از بخشه protonosma با گونه های شرق آسیا کلاد مستقلی را تشکیل می دهند. با توجه به نتایج نرم افزار beast زمان واگرایی زیرخانواده boraginoideae حدود 54 میلیون سال قبل و زمان واگرایی سرده onosmaاز echium دوران الیگوسن(33 میلیون سال قبل) تخمین زده شد. با مقایسه توالی های dna بارکد، گونه های مترادف شده(.rech.f) moltkia gypsacea با گونه (willd.) lehm. moltkia coeruleae و(ghahr&attar) onosma iranshahrii با(boiss & buhse) onosam bilabiata هرکدام گونه ای مستقل در نظر گرفته شدند.

فیلوژنی مولکولی بخشه leucocercis از جنس گون، براساس ترکیب داده‏های توالی nrdnaits و cpdna rpl32-trn(uag)
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  بهنوش حیدری   شاهرخ کاظم پور اصالو

از میان بخشه های خاردار دارای کرک های دوشاخه که در گذشته در سرده cecidothrix قرار می گرفت تنها بخشه leucocercis می باشد. تمامی اعضای بخشه انحصاری ایران هستند. ویژگی-های اعضای این بخشه عبارتند از: گیاهانی کوتاه قد، دارای کرک های دو شاخه ای منحصرا سفید، برگ های زوج شانه ای با محورهای سخت و خاردار، برگچه با نیشک بسیار بلند، گل آذین کوتاه و معمولا تنک، کاسه استکانی یا لوله ای-استکانی و غیر متورم، نیام تک خانه ای که از کاسه بیرون می زند. این گیاهان به دلیل مقاومت به خشکی در نواحی بیابانی ایران به ویژه مناطق مرکزی، جنوب و جنوب غربی ایران انتشار دارند , 1998; ghahremani-nejad, 2003) ranjbar& (maassoumi. آنالیز توالی nrdnaits در سطح بخشه leucocercis روابط را به خوبی نشان نداد و اعضای بخشه در کنار گونه های بخشه های دیگر به صورت حل نشده قرار گرفتند. آنالیز داده های (uag)rpl32-trnl و آنالیز ترکیبی داده ها nrdnaitsو cpdna rpl32-trnl(uag)، با حمایت بالا، روابط بین گونه ای در بخشه را به خوبی نشان داد. در این دو آنالیز تمام گونه های بخشه در یک نقطه قرار می گیرند که تک تباری بخشه را مشخص می کند. همه اعضای بخشه در یک زیرکلاد قرار گرفتند و گونه ها درون این زیرکلاد به خوبی از هم جدا شدند. a. talimansurensis و a .kentrophyllus همچنین a. mucronifolius و a. fischeri به علاوهa. curviflorus و a. ovoideus گروه های خواهری می باشند

فیلوژنی مولکولی بخشه macrophylliumاز سردهastragalus (fabaceae) بر اساس توالی هسته ایnr dna its و توالی کلروپلاستیcpdna rpl32-trnl(uag)
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  راحله درزی   شاهرخ کاظم پور اصالو

سرده گون بخشه macrophyllium (fabaceae) گیاهانی دارای بزرگ ترین برگ ها و گل آذین ها در بین گون های مولد کتیرا می باشند. این بخشه با 14 گونه شناخته شده، در جنوب غربی آسیا پراکنده شده است. ترکیه و ایران، مراکز اصلی پراکنش آن محسوب می شوند. تا کنون مطالعات جامعی با استفاده از توالی های نوکلئوتیدی در این بخشه ( به جز گونه astragalus dipodurusو a.oleaefolius) صورت نگرفته است. در این مطالعه فیلوژنی مولکولی 28 تاکسون از گون های مولد کتیرا شامل 8 تاکسون به نمایندگی از 7 گونه بخشه macrophyllium ، 18 تاکسون از بخشه های خویشاوند به عنوان درون گروه و گونه های astragalus horridus و a.cryptocarpys از بخشه acanthophace به عنوان برون گروه به منظور تعیین وضعیت فیلوژنتیکی بخشه macropyillium با استفاده از توالی های nrdna its و cpdna rpl32-trnl(uag) مورد بررسی قرار گرفته است. داده ها با استفاده از روش های بیشینه صرفه جویی، بیشینه درست نمایی و بیزین تجزیه و تحلیل شدند. طول ماتریس هم ردیف سازی شده داده های ترکیبی nrdna its و cpdna rpl32-trnl(uag) 1931 جایگاه نوکلئوتیدی است که از این میان 52 صفت از لحاظ پارسیمونی اطلاع رسان بودند. نتایج آنالیزها نشان داد که بخشه macrophyllium در مطالعه حاضر تک تبار نیست و اعضای آن در دو کلاد جداگانه قرار می گیرند. گونه هایastragalus deinacanthus ، a.dipodurus، a.oleifolius (با دو نمونه)، a.karjaginii و a.peymanii در یک زیرکلاد واحد متحد شده اند در حالی که گونه هایa.cephalotes و a.octopus به صورت پشت سر هم در زیر کلاد دیگری در کنار اعضای بخشه های rhacophorus و pterophorus قرار گرفته اند.