یکی از مسائل مهم فلسفی چگونگی رابطه نفس و بدن است. در این رابطه مباحث بسیاری از سوی حکما و اندیشمندان مطرح شده است.این مسئله در غرب نیز مورد توجه بسیار بوده است مخصوصا در فلسفه دکارت زیاد توجه شده است. و در فلسفه اسلامی ابن سینا این بحث را مطرح کرده است. ولی در نظریات و تحقیقات ابن سینا حل این مسئله را نمی شود به طور واضح و صحیح یافت. زیرا اگر دو جوهر متباین به تمام ذات باشند منطقاً ممکن نیست که تبیین معقولی از رابطه آنها و تاثیر و تأثر آنها در یک دیگر به دست داده شود.بنابراین در این خصوص مشکل مشترکی در فلسفه دکارت و ابن سینا وجود دارد، که در هر دو فلسفه بدون حل باقی مانده است. این مسئله از طریق فلسفه ابن سینا برای ملاصدرانیزو مطرح شد لذا ملاصدرا براساس مبانی خود تلاش موفقتی برای حل این مسئله نموده است. از نظر وی نفس و بدن هر دو جوهر جداگانه اند ولی ملاصدرا آن دو جوهر را بیگانه از هم نمی داند و برخلاف ابن سینا حدوث نفس را نه روحانی بلکه جسمانی می داند. و اضافه نفس به بدن را ذاتی آن می داند. بر اساس اصول حاکم در فلسفه صدرائی در نفس بودن یک شئ، مرتبه جسمانی آن نیز محفوظ است و حتی بعد از آن نفس به تجرد تام می رسد و به عقل مجرد ارتقا می یابد، هم مراتب فعلیت جسمانی را واجد است و هم مراتب قبلی نفسانی لذا نفس و بدن با هم کاملاً بیگانه نبوده که آنها با هم سنخیت نداشته باشند بلکه آن هر دو از سنخ واحد هستند بنا بر این فرض اتحاد حقیقی بین آنها محال نیست. نفس مجرد حاصل حرکت تکاملی صورت طبیعی جسمانی است.ملاصدرا وابستگی نفس و بدن را تعلقی وجودی می داند. و در نظر او نفس در حدوث خود نیازمند بدن است. بنابراین وابستگی نفس به بدن در آغاز پیدایش و مسیر سیر جوهری آن است ولی در تداوم نیازی به آن ندارد. در آن مرحله تعلق نفس به بدن صرفاً از جهت به دست آوردن پاره ای کمالات نفسانی است که جز از راه تدبیر بدن حاصل نمی شود. از نظر دکارت نفس صرفاَ و منحصراً از طریق غدّه صنوبری شکل در مغز عمل می کند و تمام تعاملات و تبادلات خود را با بدن از طریق همین غده اجرا می کند.