در تحقیق حاضر اقدام به تولید نرم افزار mas گردید. این نرم افزار برای پیش بینی ارزش ارثی از تلفیق اطلاعات کمی و مولکولی استفاده می نماید. بعضی از ژن هایی که یک صفت را کنترل می کنند، می توانند نسبت به بقیه دارای اثرات بزرگی باشند. این قبیل ژن ها، ژن های با اثر بزرگ نامیده می شوند که در -qtl ها (جایگاه صفت کمی) مکان یابی می شوند. دنبال کردن الگوی توارث این قبیل qtl ها می تواند برای کمک به انتخاب مورد استفاده قرار بگیرد. این موضوع مجالی برای افزایش برنامه های پیشرفت ژنتیکی حیوانات اهلی بوسیله انتخاب به کمک مارکرها (mas) را فراهم می سازد. کارایی انتخاب به کمک مارکرها بر شاخصی متشکل از اطلاعات فنوتیپی و مولکولی پایه گذاری شده است. نرم افزار mas براساس روش های مدل مختلط (mmm)، با زبان برنامه نویسی c# تهیه شد. در این نرم افزار از مدل دام برای پیش بینی ارزش ارثی به فرم ماتریسی استفاده گردید. با تعیین پلی مورفیسم ناحیه پروموتور ژن dgat1، پس از استخراج dna از نمونه های خون، مراحل pcr بر روی نمونه های dna انجام گرفت. فراوانی های آللی و ژنوتیپی حیوانات مشخص گردید. از نرم افزار mas برای پیش بینی ارزش ارثی تعداد 80 رأس از بره ها ی نر گله اصلاح نژادی طرح ملی اصلاح نژاد گوسفند افشاری مزرعه آموزشی دانشگاه زنجان استفاده گردید. جهت مقایسه نتایج پیش بینی ارزش ارثی با روش مذکور، از نرم افزار sas استفاده گردید. مقایسه نتایج پیش بینی ارزش ارثی با نرم افزار mas و sas، نشان دهنده اثر ورود نشانگرهای مولکولی در انتخاب براساس تلفیق اطلاعات کمی و مولکولی است.