در این تحقیق کارایی 8 نشانگر ssr و 15 نشانگر rapd مرتبط با qtl های کنترل کننده مقاومت به سرما، در20 ژنوتیپ زمستانه کلزا، مورد ارزیابی قرار گرفتند. از 23 آغازگر تعداد 154 نوار چند شکل به دست آمد. آغازگر oligo-670 از نشانگر rapd با 16 باند بیشترین تعداد باند چند شکل را داشت و آغازگر oligo-535 با 4 نوار کمترین تعداد نوار چندشکل را ایجاد نمود. درصد چندشکلی بدست آمده 77/77 درصد برای oligo-430 تا 100 درصد در نشانگرهای rapd و درصد چندشکلی در آغازگرهای ssr، 100 درصد بدست آمد. بالا بودن معیارهای تنوع ژنی نی، شاخص شانون و میزان pic برای آغازگرهای na12-b02، ni4-b03، ol10-g04، oligo-543 و oligo-670 نشان دهنده کارایی بالای این آغازگرها در ارزیابی تنوع ژنتیکی در این تحقیق می باشد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای به روش upgma با استفاده از ترکیب داده های نشانگرهای rapd و ssr، 20 ژنوتیپ مورد مطالعه را در 5 گروه قرار داد، گروه ها به ترتیب شامل 2، 7، 5، 4 و 2 ژنوتیپ بود .تجزیه تابع تشخیص به روش خطی فیشر نشان داد که روش upgma ژنوتیپ ها را با دقت 70 درصد جداسازی کرد. خصوصیات جوانه زنی ژنوتیپ های کلزا در سطوح مختلف تنش شاهد (20 درجه سانتی گراد) صفر، 4-، 8- و 12- درجه سانتی گراد در طرح فاکتوریل بر پایه طرح کاملاً تصادفی ارزیابی شد. نتایج حاصل از تجزیه واریانس نشان داد که تفاوت معنی داری بین ارقام، سطوح تنش و اثر متقابل رقم × تنش از نظر تمامی صفات مورفولوژیکی اندازه گیری شده وجود دارد. بالاترین ضریب همبستگی بین صفات مورد مطالعه در سطح شاهد (20 درجه سانتی گراد) بین سرعت جوانه زنی و شاخص جوانه زنی، در دمای صفر درجه سانتی گراد بین شاخص تحمل به تنش و درصد جوانه زنی و در دماهای 4-، 8- و 12- درجه سانتی گراد بین درصد جوانه زنی و شاخص جوانه زنی بود. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای به دو روش حداقل واریانس وارد و متوسط فاصله بین گروه ها با معیار فاصله اقلیدوسی بر اساس صفات مورفولوژیک ژنوتیپ های مورد مطالعه را در سطح شاهد (20 درجه سانتی گراد)، صفر، 4-، 8- و 12- درجه سانتی گراد به ترتیب به 3، 4، 3، 3 و 3 گروه مجزا قرار داد. نتایج حاصل از تجزیه تابع تشخیص نشان داد که صحت گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای در سطوح شاهد و صفر درجه سانتی گراد 95 درصد و در تنش دمایی4-، 8- و 12- درجه سانتی گراد 100 درصد می باشد. تجزیه و تحلیل روش انتخاب به کمک نشانگر نشان داد باندهایی که موجب افزایش میانگین صفات مرتبط با تحمل به تنش سرما می شوند، می توان برای شناسایی ژنوتیپ های مقاوم استفاده کرد.