برهم کنش های پروتئین-پروتئین در بسیاری از فرآیندهای سلولی نقش مهمی ایفا می کنند. بنابراین شناسایی، پیش بینی و تحلیل برهم کنش های پروتئین-پروتئین در حوزه زیست مولکولی مهم می باشد. روش های آزمایشگاهی که به این منظور طراحی گردیده اند بسیار پرهزینه، پر زحمت و وقت گیر می باشند. به همین دلیل نیاز به روش های محاسباتی برای بررسی برهم کنش های پروتئین-پروتئین روزانه افزایش می یابد. از این رو، هدف اصلی این پژوهش پیش بینی برهم کنش های پروتئین-پروتئین با استفاده از ساختار اول پروتئین ها و ژنوم مربوطه می باشد. با استفاده از support vector machine (svm) و ensemble of extreme learning machines (e-elm) ویژگی های عددی مختلفِ توالی پروتئین ها و توالی ژن های کد کننده پروتئین ها بررسی شدند. این ویژگی ها شامل اتو کوواریانس (ac)، ویژگی سه تایی پیوسته (ct) و تفاوت فراوانی جفت کدون ها (ccppi) می باشد. نتایج نشان دادند که ویژگی تفاوت فراوانی جفت کدون ها، که از توالی ژن ها استخراج شده بود، حاوی اطلاعات بیشتری نسبت به بقیه ویژگی ها برای پیش بینی برهم کنش های پروتئین-پروتئین می باشد.