باکتری clostridium novyi سیتو توکسینی به نام آلفا توکسین تولید می کند که با وزن مولکولی حدود 250-200 کیلو دالتون دارای فعالیت آنزیمی بوده و بر روی گیرنده های rho سلول های پستانداران تاثیر می گذارد و عامل خونریزی رگ ها و گرد شدن سلول ها در محیط کشت است. بررسی های ایمونولوژیکی نشان می دهد که قسمت کوچک از یک آنتی ژن می تواند سیستم ایمنی را علیه کل آنتی ژن تحریک کند به همین دلیل همسانه سازی (کلون) ناحیه از پروتئین که آنتی ژنسیته ی بالا دارد ، امکان جدیدی برای ایمنی علیه توکسین های کشنده است. مرحله ی کلیدی این روش شامل شناسایی و انتخاب ناحیه ی آنتی ژنیک توکسین می باشد. هدف از این مطالعه به کارگیری ترکیبی از روش های بیوانفورماتیک، زیست شناسی مولکولی و تهیه پروتئین نوترکیب به منظور تولید پروتئین با آنتی ژنسیته ی بالا می باشد. ابتدا قطعات با آنتی ژنسیته ی بالا براساس مطالعات بیوانفورماتیکی و ساختار دوم پروتئین انتخاب و پرایمرهای اختصاصی به منظور تکثیر این قطعات طراحی گردید. قطعات تکثیر شده در وکتور کلونینگ ptz57rt وارد و سپس در وکتور بیانی pet21a(+) کلون گردید. پلاسمید حاوی قطعه به وسیله ی pcr تایید گردید. پس از بیان پروتئین نوترکیب، با استفاده از سولفات آمونیوم پروتئین رسوب داده شد و به وسیله کروماتوگرافی فیلتراسیون ژلی نیمه خالص گردید و خصوصیات آ نتی ژنیک پروتئین با تست های (د ات بلات ، وسترن بلات و الایزا) تایید گردید. سپس به منظور بررسی ایمونوژنسیته پروتئین به موش تزریق گردید و سرم حیوان با هدف انجام واکنش متقاطع با توکسین و پروتئین نوترکیب جمع آوری گردید. نتیجه ی تست های ایمونولوژی آنتی بادی تولید شده بر علیه پروتئین نوترکیب، میل ترکیبی بالایی را در مقایسه با توکسین طبیعی نشان داد. به نظر می رسد، روش های بر پایه ی بیوانفورماتیک می تواند احتمال انتخاب قطعاتی با پتانسیل بالای ایمونوژنسیته را افزایش دهند. این استراتژی روشی برای تولید پپتید واکسن و آنتی بادی برای تست تشخیصی و یا تولید لیگاند برای خالص سازی آنتی بادی ها یا پروتئین ها طبیعی به روش کروماتوگرافی میل ترکیبی می باشد