محقّق خفری در زمره فیلسوفان مکتب شیراز است که به شرح آثار حکمای پیش از خود همّت نمود، امّا در این میان در مواضع خاصّی به بیان آراء خاص خویش در باب موضوع مورد شرح می پردازد، به عنوان مثال در رساله سواد العین علاوه بر بیان آراء حکمای سلف در باب تشکیک وجود، وحدت معنوی و اصالت آن نیز بیاناتی مختص به خود دارد که ارزش اثر مذکور را نمایان می سازد. آثار وی که در شکل گیری حوزه فلسفی شیراز دارای اهمّیت است، به دلیل نادیده گرفتن این دوره از تاریخ فلسفه، تا دهه های اخیر چندان مورد توجّه قرار نگرفتند، در حالی که در تمامی آثار حکمای این دوره، همانند میر سیّد شریف جرجانی، سیّد صدرالدین دشتکی، جلال الدین دوانی، میر غیاث الدین دشتکی و محقّق خفری تکامل آراء فلسفی برای وصول به حکمت متعالیه به وضوح قابل مشاهده است و نمی توان نقش این بزرگان را در شکل گیری و تکامل حکمت متعالیه نادیده انگاشت.