امروزه جلبک dunaliella به دلیل قابلیت بالای تولید بتاکاروتن، کاربردهای آن در صنایع غذایی، دارویی، آرایشی و کارهای تحقیقاتی نظیر مهندسی ژنتیک، مورد توجه فراوان قرار گرفته است. از این رو شناسایی بیشتر این سرده و گونه های پرتولید آن، بسیار سودمند خواهد بود. معمولا تاکسونومی رایج سرده دونالیلا از روی صفات مورفولوژیکی و فیزیولوژیکی آن انجام می گیرد، از آنجایی هم که این صفات تحت شرایط رشدی مختلف، به دلیل نداشتن دیواره سخت سلولی، می توانند تغییر کنند. به همین دلیل بررسی های فیزیولوژیک و مورفولوژیک کافی نبوده و باعث یک سردرگمی در سیستماتیک این سرده شده اند. از این رو در این تحقیق نیز برای شناسایی بهتر و دقیق تر این سرده، از نظر مولکولی، از نشانگرهای مولکولی استفاده شد. این تحقیق در پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی شمال-غرب و غرب کشور ، صورت گرفت که کلکسیون مناسبی از ریزجلبک dunaliella را در خود جای داده است. در این آزمایش تنوع ژنتیکی تعدادی از سویه های ایرانی ریزجلبکdunaliella با استفاده از نشانگر های مولکولی pcr-rflp (caps) و rapdمورد بررسی قرار گرفت. پس از استخراج dna ابتدا واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از جفت آغازگرهای حفاظت شده در قطعه its انجام گرفت، سپس با استفاده از آنزیم های محدودالاثر msei، bsp143i، ncoi، برش آنزیمی بر روی محصولات pcr سویه های مختلف انجام پذیرفت. با بررسی بیشتر الگوی بانددهی سویه های مختلف و ارزش گذاری باندها، تنوع ناحیه its این سویه ها بررسی شد. در مرحله دوم آزمایشات برای بررسی بیشتر تنوع ژنوم نمونه های مورد بررسی، تکنیک rapdبه کار برده شد، که در این روش نیز برای بررسی تنوع سویه ها از 14 آغازگر غیراختصاصی rapd استفاده شد. نتایج حاصل از نشانگرهای caps نشان داد که سویه های g45، q1، q41 و نمونه استاندارد d. salina (19/3) دارای صد در صد شباهت می باشند. که با توجه به نقش توالی its در تشخیص گونه ها، می توان این نمونه ها را هم جزو گونه d. salina طبقه بندی کرد. نتایج حاصل از نشانگرهای rapd و همچنین تلفیق داده ها نشان داد که سویه های منطقه مهارلو تفاوت زیادی با سویه های سایر مناطق دارند، همچنین یک تنوع درون گونه ای در بین نمونه های مورد بررسی این منطقه نیز مشاهده شد.