فوتودینامیک تراپی یک روش موثر برای درمان انواع تومورها و بیماری های پوستی و عفونت ها است. سه مولفه اصلی این روش فوتوسنسیتایزر، نور و اکسیژن می باشد. در این پایان نامه با تکمیل مدل های دینامیکی قبلی که صرفا توصیف کننده فرآیندهای انتقال انرژی و تولید اکسیژن واکنشی در فوتودینامیک تراپی بودند، امکان بررسی فرایندهای انتقال بار و تولید رادیکال های آزاد و تأثیر آنها بر روی مرگ سلولی و بازده کل فوتودینامیک تراپی فراهم شده است. در این مدل با نوشتن معادلات آهنگ، تغییرات غلظت مولکول های دخیل در این فرآیندها با زمان بررسی شده است. همچنین نتایج مربوط به دو فوتوسنسیتایزر فوتوفرین، که در آن تنها انتقال انرژی صورت می پذیرد و باکتریوکلرین، که در آن انتقال بار نیز دخیل است به دست آمده و با یکدیگر مقایسه شده است. این نتایج نشان می دهند که باکتریوکلرین هم در دزهای پایین فوتوسنسیتایزر و هم در دزهای پایین چگالی فوتونی عملکرد بهتری نسبت به فوتوفرین دارد که می تواند به دلیل تولید همزمان اکسیژن یگانه و رادیکال های آزاد باشد.