تحقیق حاضر روی میش های نژاد کردی ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد حسین آباد شیروان صورت گرفته است. در بخش اول به منظور برآورد پارامترهای ژنتیکی، تعداد 1065 رکورد روزآزمون درصد پروتئین شیر مربوط به 245 رأس میش جمع آوری شد. رکوردگیری از هر رأس میش در اردیبهشت ماه سال 91 شروع گردید و تا پایان دوره شیردهی ادامه یافت. سپس برای بررسی اثر عوامل محیطی بر درصد پروتئین شیر روز آزمون از رویه مدل خطی عمومی نرم افزار آماریsas 9.1 استفاده شد. برای آنالیز ژنتیکی داده ها، از دو مدل روز آزمون با ضرایب تابعیت تصادفی و ثابت استفاده شد. در هر دو مدل، اثرات ثابت شکم زایش، تعداد بره در زایش، ماه رکوردگیری، متغیرهای کمکی سن در هنگام رکوردگیری و روزهای شیردهی گنجانده شدند. تابع چند جمله ای لژاندر با درجات برازش مختلف برای مدل های تصادفی و ثابت در خصوص تنوع ژنتیکی افزایشی و محیط دائمی در نظر گرفته شدند که چند جمله ای لژاندر با درجه برازش 2 به عنوان بهترین مدل انتخاب شد. اجزای واریانس (کواریانس) ژنتیکی و محیطی توسط روش حداکثر درست نمائی محدود شده برآورد شدند. در این تحقیق میانگین و انحراف معیار درصد پروتئین شیر در میش نژاد کردی 70/0 ± 69/6 برآورد گردید. میانگین وراثت-پذیری در تابعیت تصادفی 16/0 ± 124/0 و در تابعیت ثابت 07/0± 021/0 بدست آمد. با افزایش فاصله بین روزهای شیردهی، همبستگی های ژنتیکی افزایشی و محیطی دائم کاهش یافتند. متوسط تکرارپذیری در تابعیت تصادفی 640/0 و در تابعیت ثابت 582/0 برآورد گردید. در بخش دوم، به منظور تعیین چند شکلی قطعه 372 جفت بازی از اگزون 3 ژن آلفا اس -1 کازئین و محاسبه فراوانی آلل های آن، از 100 رأس میش کردی به صورت تصادفی خونگیری به عمل آمد. dna نمونه ها به کمک روش گوانیدین ایزوتیوسیانات–سیلیکاژل و با استفاده از کیت دیاتوم ((dna prep 100 استخراج شد. پس از تکثیر قطعه مورد نظر با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی، جهت تشخیص ژنوتیپ های ژن آلفا اس -1 کازئین از آنزیم محدودالاثر mboii استفاده شد. تمامی نمونه ها در این جایگاه، الگوی باندی یکسانی با ژنوتیپcc را نشان دادند و یک شکل بودند. تحقیق حاضر نشان داد برآوردهای بدست آمده با مدل تابعیت تصادفی نسبت به مدل تابعیت ثابت دقیق تر است. یک شکل بودن جایگاه نشانگری مورد مطالعه ممکن است به دلیل شدت انتخاب به نفع این ژنوتیپ و یا کوچک بودن جمعیت مورد بررسی در این تحقیق باشد