برنامه ریزی برای حفاظت درارتباط با کاربرد درست اقدامات حفاظتی جهت افزایش بقاء تنوع زیستی در بوم سازگان های طبیعی می باشد.یکی از مهم ترین مرحل برنامه ریزی برای حفاظت آنالیز گپ می باشد. این آنالیزاز طریق ارزیابی بوم شناختی وشناسایی تهدیدات ناشی از فعالیت های انسانی بر مناطق حفاظت شده موجود ،سایت های اولویت دار برای حفاظت را شناسایی می نماید. ارزیابی تهدیدات و وارد نمودن آن به برنامه ریزی برای حفاظت مساله ای است که در ایران کمتر به آن توجه شده است و بیشتر اقدامات حفاظتی بر ارزش های حفاظتی مناطق متمرکز شده است. لذا در بخش اول این مطالعه آنالیز گپ با هدف ارزیابی تهدیدات در استان اصفهان و با استفاده از مدل ریسک محیط زیستی انجام گرفت. ابتدا نقشه های پراکنش معادن، صنایع و شبکه جاده ها دراستان به عنوان عوامل خطر انتخاب گردید. سپس برای تعیین سهم کلی هریک ازفعالیت ها، برمبنای نظرات کارشناسی و مرور منابع چهارمتغیر وزن،شدت اثر،فاصله اثر و تابع کاهش فاصله تعیین امتیاز گردید.نتایج مدل ریسک محیط زیستی نشان داد که بخش مرکزی و نیمه غربی استان اصفهان به شدت در معرض تهدید می باشد، عمدتا به دلیل تراکم بالای صنایع و معادن. برای وارد نمودن نتایج حاصل از این ارزیابی در برنامه ریزی حفاظتی در استان ، مدل ریسک محیط زیستی با نقشه شبکه مناطق حفاظت شده استان اصفهان رویهم گذاری شد که مشخص شد در برخی از مهم ترین مناطق حفاظت شده استان مانند پارک ملی کلاه قاضی و پناهگاه حیات وحش موته اثرات بالا بوده و نیازمند اقداماتی جهت کاهش اثرات می باشند.بادرنظرگرفتن نتایج حاصل از این ارزیابی و نیز ارزیابی های بوم شناختی که پیش ازاین انجام گرفته بود، منطقه ای در شمال غربی استان اصفهان، در بین پناهگاه های حیات وحش موته و قمشلو به عنوان منطقه مطالعه برای بخش دوم این مطالعه با هدف شناسایی کریدورهای مهاجرتی برای دوگونه آسیب پذیر آهوی ایرانی و قوچ ومیش اصفهانی انتخاب گردید.برای شناسایی کریدورها ازدو روش مدل سازی به نام های مدل حداقل هزینه و تئوری مدار الکتریکی استفاده شد.با استفاده از مدل حداقل هزینه برای هر گونه سه کریدور انتخاب شدند که با توجه به حدقل پهنا و مساحت آنها ، کریدورهای اول و دوم به عنوان کریدور مهاجرتی و کریدورهای سوم (پهن ترین و وسیع ترین)به عنوان لینک کمکی برای هردوگونه درنظرگرفته شد.در نتیجه اجرای تئوری مدار الکتریکی، نقشه های شدت جریان به دست آمد که احتمال حرکت گونه های هدف را نشان داد. بامقایسه نقشه های جریان مشخص شدکه میزان ارتباطات عملکردی در منطقه مطالعه برای قوچ ومیش اصفهانی بیشتر بوده و فرصت های بیشتری برای مهاجرت آن بین دوپناهگاه هاوجود دارد.به علاوه برمبنای شدت جریان، نواحی ارتباطی مهم برای حرکت دو گونه نیز به خوبی شناسایی شدکه به واسطه آسیب پذیری ارتباطات در این نواحی حفاظت از آنها از اهمیت زیادی برخوردار است.مقایسه نتایج حاصل ازدو مدل تئوری مدار و مدل حداقل هزینه برای آهوی ایرانی و قوچ ومیش اصفهانی نشان داد بخش هایی از منطقه مطالعه که شدت جریان عبوری ازآن نشانگر احتمال بالای حرکت می باشد ، به طور کامل توسط کریدو ها و لینک های شناسایی شده توسط مدل حداقل هزینه نیز پوشش داده می شوند. ولی نتایج کلی تحقیق نشان دهنده برتری تئوری مدار نسبت به مدل حداقل هزینه به دلیل بررسی ارتباطات عملکردی وشناسایی نواحی ارتباطی مهم درمنطقه مطالعه می باشد که با استفاده ازمدل حداقل هزینه امکان رسیدن به چنین نتایجی وجود نداشت.