کلامیدوفیلا آبورتوس یکی از علل مهم سقط انزئوتیک میش ها و از دست دادن بره ها در هنگام آبستنی در بعضی مناطق محسوب می شود. در عفونت با این باکتری، سقط جنین معمولا در 3-2 هفته آخر آبستنی رخ می دهد و یا بره-های مرده و ضعیف متولد می شوند. از آن جا که باکتری کلامیدوفیلا در شرایط آزمایشگاهی (in vitro) رشد نکرده و معمولاً با آزمایش های تشخیصی روتین متوجه حضور آن نمی شوند، جستجوی آنتی ژن یا ژنوم آن توصیه می شود. هدف از این مطالعه بررسی حضور این باکتری در جنین های سقطی گوسفند در استان چهارمحال و بختیاری و اصفهان بود. برای این منظور 53 نمونه محتویات آسپیره شده شیردان جنین های سقط شده در فاصله زمانی سال 1391-1390 با روش nested pcr جهت شناسایی ژن s rrna 16، مورد آزمایش قرار گرفت. میزان آلودگی در نمونه های بررسی شده 47 درصد بود. این میزان آلودگی نشان دهنده اهمیت این باکتری در موارد سقط جنین می-باشد که تاکنون کمتر به آن اهمیت داده شده است و با توجه به تعداد گوسفند در ایران و میزان فراوانی سقط جنین و خسارات اقتصادی همچنین خطر عفونت انسانی، نیازمند توجه ویژه ای برای وسعت بخشیدن به تحقیقات و اجرای اقدامات پیشگیری و کنترل دارد.