تفکر انتقادی یک صلاحیت اساسی و لازم برای دانشجویان در کلیه رشته های دانشگاهی است که به طور عمده از طریق برنامه های درسی قابل بهبود می باشد. هدف از پژوهش حاضر، بررسی نقش برنامه های درسی بر مهارت های تفکر انتقادی دانشجویان دانشگاه های اصفهان و علوم پزشکی اصفهان بوده است. با توجه به ماهیت موضوع و اهداف پژوهش، از روش تحقیق توصیفی- طولی استفاده شده است. جامعه آماری این پژوهش، دانشجویان ورودی سال های تحصیلی 1387 تا 1389 دانشگاه های اصفهان و علوم پزشکی اصفهان در رشته ها و دانشکده های منتخب بودند که جمعیت آنان به ترتیب 1532 و 1071 نفر بود. از این تعداد با استفاده از فرمول محاسبه حجم نمونه، نمونه آماری برای دو دانشگاه به ترتیب 141 و 98 نفر برآورد شد. سپس، برای اطمینان از شرکت دانشجویان در پژوهش و با در نظر گرفتن میزان افت آزمودنی در طول پژوهش به میزان دو برابر و نیم حجم نمونه مورد نیاز دعوت به عمل آمد که پس از کسر 56 پرسش نامه مخدوش، این تعداد در دانشگاه های اصفهان و علوم پزشکی اصفهان به ترتیب به 349 و 158 نفر رسید و در مجموع 507 نفر در مرحله ی اول شرکت کردند. در مرحله ی دوم آزمون از 507 نفر مجدداً دعوت به عمل آمد که از این تعداد 250 نفر (200 نفر از دانشگاه اصفهان و 50 نفر از دانشگاه علوم پزشکی اصفهان) شرکت نمودند. پس از جداسازی 250 نفر، 149 نفر از دانشجویان دانشگاه اصفهان صرفاً در مرحله ی اول شرکت داشتند که به عنوان یک گروه مستقل مورد تجزیه و تحلیل آماری قرار گرفت. در آزمون مرحله ی دوم علاوه بر 507 نفر دعوت شده، 87 دانشجو از دانشگاه علوم پزشکی اصفهان به عنوان نمونه ی جدید در آزمون مرحله ی دوم شرکت نمودند که با مجموع 108 نفر از دانشگاه علوم پزشکی اصفهان که تنها در مرحله ی اول آزمون شرکت داشته جمعاً بر روی 195 نفر به عنوان دو گروه مستقل تحلیل آماری انجام شد و در مجموع 594 پرسشنامه در سه بخش (دو گروه وابسته، دو گروه مستقل و یک گروه مستقل) مورد تجزیه و تحلیل آماری قرار گرفت. نمونه آماری مذکور با استفاده از روش نمونه گیری تصادفی طبقه ای (لایه ای) با شیوه تخصیص بهینه انتخاب شدند. ابزار جمع آوری اطلاعات، آزمون مهارت های تفکر انتقادی کالیفرنیا (فرم ب) و پرسشنامه محقق ساخته ای بود که عوامل موثر بر میزان مهارت های تفکر انتقادی را سنجش می نمود. به منظور تجزیه و تحلیل داده های حاصل از پژوهش، با استفاده از برنامه نرم افزاری spss16، از آمار توصیفی و استنباطی استفاده شد. نتایج نشان داد: پرسشنامه محقق ساخته در دو مرحله از آزمون تفاوت معناداری نداشته است؛ یعنی عوامل مندرج در پرسشنامه، اثری بر نمرات تفکر انتقادی دانشجویان نگذاشته است. در دو گروه وابسته از دو دانشگاه، میانگین نمرات کل آزمون در مرحله اول (22/2 48/7) و در مرحله دوم (00/2 94/5) بود. نمرات دانشجویان در آزمون مرحله دوم در حیطه های استنباط، استدلال قیاسی و کل آزمون نسبت به مرحله اول کاهش معناداری یافته و صرفاً در حیطه ارزش یابی نمرات دانشجویان دانشگاه اصفهان و کل جمعیت نسبت به آزمون مرحله اول افزایش یافته است (000/0=p)، ولی در حیطه تجزیه و تحلیل و استدلال استقرایی تفاوت معناداری مشاهده نشد. هم چنین، بین نمرات دانشجویان دو دانشگاه در نمره کل و مهارت های زیر مجموعه آن تفاوت معنی داری یافت نشد. در دو گروه مستقل از دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، نمرات آزمون مرحله دوم در نمره کل و مهارت های تجزیه و تحلیل، استنباط و استدلال قیاسی نسبت به مرحله اول کاهش یافته است (05/0>p)، ولی در حیطه ارزش یابی و استدلال استقرایی بین نمرات آزمون مرحله اول و دوم تفاوت معناداری مشاهده نشد. در یک گروه مستقل از دانشگاه اصفهان، بین نمرات آزمون در نیم سالهای اول، سوم و پنجم در نمره کل و مهارت های تفکر انتقادی به غیر از مهارت ارزش یابی تفاوت معناداری وجود نداشت؛ تنها در مهارت ارزش یابی میانگین نمرات نیم سال اول بالاتر از نیم سال های سوم و پنجم بود (02/0=p). به علاوه، بین نمرات دو گروه دختر و پسر تفاوت معناداری نبود. بنابراین، یافته ها حاکی از این امر است که توجه به تفکر انتقادی به عنوان یک چالش جدی در آموزش عالی می باشد و دانشجویان در وضعیت مطلوبی از تفکر انتقادی قرار ندارند تا آن جا که با بالا رفتن سنوات تحصیلی دانشجویان، مهارت های تفکر انتقادی افزایش نمی یابد. لیکن، بازنگری مطلوب برنامه های درسی برای حل این معضل می تواند پیشنهادی موثر باشد.