در اکثر قریب به اتفاق جدایه های باکتری erwinia amylovora پلاسمید غیر قابل انتقال pea29 وجود دارد. علی رغم شباهت جدایه های این گونه، تفاوت در دامنه میزبانی و بیماری زایی در ارتباط با وجود پلاسمید و تنوع آن می باشد. تحقیق حاضر با هدف بررسی تنوع پلاسمیدی در جدایه های ایرانی عامل سوختگی آتشی، تکثیر قطعه psti از پلاسمید pea29 و هضم آنزیمی آن و بررسی وجود تعداد ردیف های تکراری کوتاه در جدایه های مربوط به میزبانهای مختلف و از مناطق مختلف جغرافیایی انجام گرفته است. با انجام آزمونهای فنوتیپی و بیماریزایی، از مجموع چهل و سه جدایه، 24 جدایه برای آزمون تشخیصی lfic، سنجش لوان سوکروز و مطالعات مولکولی انتخاب شدند. روش lfic قادر به ردیابیcfu/ml 106- 105 باکتری در عصاره گیاهی آلوده می باشد. همچنین ارتباطی بین میزان ترشح لوان سوکروز و شدت بیماریزایی جدایه ها مشخص نگردید. صحت وجود پلاسمید pea29 با استفاده از سه جفت آغازگر تشخیصی مرتبط بررسی گردید. آغازگرهای ea71(1)/ea71(2)، به عنوان دقیق ترین جفت در شناسایی جدایه های ea می باشند. ردیابی مولکولی سایر پلاسمیدهای ea با استفاده از 5 جفت آغازگر اختصاصی، حاکی از عدم تنوع پلاسمیدی در جدایه های ایران است. به غیر از pea29، جدایه های بدست آمده از زالزالک و به، حامل peu72 می باشند. هضم آنزیمی قطعه psti از پلاسمید pea29 جدایه های ایرانی توسط آنزیم برشی hpaii، جدایه های ایرانی را در چهار گروه قرار داد. چند شکلی مشاهده شده در طول قطعه بزرگتر و بین 360 تا 400 جفت باز متغیر است. جدایه های گروه 1 از منابع مختلف دانه دار و از استانهای مختلف ایران مربوط به سالهای مختلف در کنار جدایه استاندارد ea273 قرار گرفتند. گروه 2 در برگیرنده جدایه هایی از گلابی، به و زالزالک می باشد. جدایه های گروه 3 مربوط به استان لرستان و کمترین تعداد جدایه مربوط به گروه 4 بدست آمده از گیاه رز می باشند. بر اساس گروهبندی آنزیمی تعداد 15 جدایه برای تعیین توالی ناحیه psti انتخاب شدند. واحدهای تکراری به صورت attacaga در جدایه های ایران 4، 5، 7، و 8 بار تکرار می شوند. تمام جدایه های ea بدست آمده از سیب از مناطق جغرافیایی مختلف ایران دارای تعداد واحد تکراری 4 هستند که با نتایج حاصل از هضم آنزیمی مطابقت دارد. بر اساس داده های بررسی حاضر، شاخص تعداد واحدهای ssr، می تواند برای گروه بندی جدایه های ea استفاده شود و در بسیاری موارد ارتباط گروه بندی با منشاء جغرافیایی، نوع میزبان و سال جمع آوری مشاهده می گردد. ولی اطلاعات چندانی در رابطه با مبدا آلودگی و نحوه گسترش بیمارگر سوختگی آتشی در کشور بدست نمی آید.

علیرغم همگنی بسیار بالا در جدایه های باکتری erwinia amylovora بیماری سوختگی آتشی سالیانه خسارات شدیدی به باغات دانه دار کشور وارد می سازد. به منظور ارائه راهکارهای مدیریتی، یافتن ابزاری جهت شناسایی تنوع احتمالی بین جدایه ها و همچنین درک چگونگی گسترش بیماری در باغات دانه دار ضرورت دارد. تحقیق حاضر با هدف ارزیابی مولکولی جدایه های ea مربوط به میزبان ها و مناطق جغرافیایی مختلف با استفاده از روش های mlsa و vntr صورت پذیرفته است. لذا از باغات دانه دار استان خراسان رضوی در سال های 93-92، تعداد 74 نمونه آلوده گیاهی جمع آوری شد. با انجام آزمون های فنوتیپی و بیماری زایی و همچنین استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی a/b و ea71(1)/ea72(2) از مجموع 57 جدایه، 39 جدایه جهت کارهای تکمیلی مولکولی انتخاب شدند. علاوه بر این تعداد 10 جدایه مربوط به بررسی های پیشین از استان ها و میزبان های مختلف نیز در آزمون های تنوع ژنتیکی مورد ارزیابی قرار گرفتند. از بین 49 جدایه ea موردمطالعه، 11 جدایه با در نظر گرفتن میزبان، منطقه جغرافیایی و سال نمونه برداری به عنوان نماینده در آزمون توالی یابی ژن های خانه دار انتخاب شدند. تکثیر و توالی یابی سه ژن خانه دار reca، rpos و groel در جدایه های مختلف این باکتری نشان از همگنی بالای جدایه ها دارد و تنها در توالی ژن groel تفاوت تک نوکلئوتیدی در جدایه irgh59 به دست آمده از زالزالک قزوین مشاهده گردید. لذا در صورت، ضرورت توالی یابی ژن groel برای دامنه وسیع تری از جدایه ها پیشنهاد می شود. الگوی انگشت نگاری حاصل از روش vntr-pcr، با استفاده از آغازگرهای vntr4 و vntr5، تفاوت اندکی در دو جدایه mq1 و nbq1 به دست آمده از خراسان رضوی نسبت به سایر جدایه ها و جدایه ea-atcc 49946 نشان داد. جدایه های nbq1 و mq1 به ترتیب از درخت به رقم نیشابور و به رقم اصفهان جداسازی شده اند. بر اساس یافته های این تحقیق، باوجود همگنی بالای بین جدایه های ea ایران، به نظر می رسد چندین منبع آلودگی وارداتی به کشور وجود داشته است. علاوه بر آن کوچ زنبورعسل با توجه به فصل گل نقش مهمی در پراکنش بیماری دارد. اگرچه انگشت نگاری vntr برای آنالیز شیوع منطقه ای بیماری سوختگی آتشی پیشنهاد می شود؛ به نظر می رسد استفاده از تعداد بیشتری جدایه با منشأ جغرافیایی و میزبانی معلوم می تواند در دست یابی به نتایج دقیق تر در ارتباط با الگوی پراکنش بیماری در کشور مثمر ثمر واقع گردد.

تحقیق حاضر با هدف ارزیابی توانایی جدایه های pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (pcc) ایرانی از نظر تولید باکتریوسین به عنوان ابزاری برای کنترل بیماری پوسیدگی نرم سیب زمینی انجام گرفته است. از مجموع 51 جدایه بدست آمده، 30 جدایه در آزمونهای فنوتیپی و مولکولی به عنوان pcc شناخته شدند. آزمون بیماریزایی و قابلیت جدایه ها در تجزیه پکتین در 13 جدایه مثیت ارزیابی گردید. بر اساس الگوی تولید مواد ضد باکتریایی، 30 جدایه بررسی حاضر به همراه 5 جدایه بیماریزای بومی دیگر و 5 جدایه استاندارد در 3 گروه قرار گرفتند. اکثریت جدایه های تولید کننده به استثنای اعضای گروه ii، فعالیت ضد باکتریایی علیه جنس های خویشاوند نشان داده و نقش نور ماوراء بنفش و میتومایسین سی القا کننده می باشد. جدایه های متعلق به گروه ii اثرات ضد باکتریایی کمی نشان داده و کاربرد نالیدیکسیک اسید و گلوکز در القاء مواد ضد میکروبی مثبت ارزیابی گردید. هیچکدام از جنس های غیر خویشاوند به جز rhizobium vitis به باکتریوسین تولیدی توسط جدایه های pcc حساسیت نشان ندادند. ردیابی مولکولی چهار باکتریوسین شامل کارتووریسین، کاروسین های s1، s2 و d انجام پذیرفت. در مجموع % 5/54 اعضای گروه i و 50% از جدایه های دو گروه دیگر حامل ژنهای کلاستر کارتووریسین بودند. همچنین در چهار جدایه ژن تولید کاروسین s1 ردیابی گردید. بر اساس مقایسات آزمایشگاهی و مولکولی، به نظر می رسد اثرات بازدارندگی جدایه های تولید کننده با نوع القاء کننده و یا داده های واکنش زنجیره ای پلیمراز همبستگی ندارد. نتایج تحقیق حاضر الگوهای متنوع ضد باکتریایی برای جدایه های pcc ایران نشان داده که دلالت بر وجود احتمالی باکتریوسین های جدید می باشد. بر پایه یافته های این بررسی، کاربرد مستقیم جدایه تولید کننده چون p29 و یا بیان ژنهای کد کننده باکتریوسین از جدایه های pog22 و p21 در جدایه غیر بیماریزا، به عنوان عامل کنترل بیولوژیک بیماری پوسیدگی نرم سیب زمینی پیشنهاد می شود.