در روش های ارزیابی و انتخاب حیوانات بر اساس اطلاعات فنوتیپی، نیاز اساسی در برآورد صحیح ارزش های اصلاحی وجود رکوردهای دقیق از صفات مورد نظر است. با گسترش ژنتیک مولکولی، امکان استفاده از اطلاعات در سطح dna و نشانگرهای ژنتیکی جهت برآورد صحیح تر ارزش-های اصلاحی و بهبود ژنتیکی سریعتر دام ها فراهم شده است. در این مطالعه جهت برآورد صحت ارزش های اصلاحی واقعی و برآورد شده از دو روش استنباط بیزی لاسو و ریج استفاده شد. ژنومی باطول 20 مورگان و تعداد10 کروموزوم با طول یکسان 2 مورگان شبیه سازی شد. به منظور ایجاد تراکم نشانگری cm4 تا cm066/0، به ترتیب تعداد 50- 3000 نشانگرsnp در فواصل مساوی بر روی هر کرموزوم قرار گرفت و تعداد 5، 10، 15 و 20 qtlو وراثت پذیری 05/0-5/0به عنوان فرضیات شبیه سازی صفات در نظر گرفته شدند. ارزش های اصلاحی برآورد شده توسط لاسو و ریج در تمامی صفات شبیه سازی شده، همبستگی بسیار بالایی با ارزش های اصلاحی واقعی نشان دادند. برآورد ارزش های اصلاحی توسط دو روش نشان داد که هر دو روش عملکرد مشابه ای دارند. حساسیت ریج نسبت به تغییر تعداد ژن عمده اثر و نشانگر بالا بود. در کل افزایش تراکم نشانگری و وراثت پذیری صفات باعث افزایش صحت ارزیابی ها شد. همچنین این افزایش در صحت ارزیابی ها، در افزایش ژن های عمده اثر نیز دیده شد.

در این تحقیق به منظور بررسی آنالیز ژنتیکی نمره¬ی سلول¬های بدنی گاوهای هلشتاین ایران در روزهای شیردهی مختلف و همچنین سطوح متفاو ت تولید شیر از 76577 رکورد روزآزمون شمار سلول¬های بدنی دوره های شیردهی اول، دوم و سوم مربوط به 100400 حیوان از 182 پدر و 11700 مادر و متعلق به 57 گله که توسط مرکز اصلاح دام کشور طی سال های 1386 تا 1388جمع آوری شده بودند، استفاده گردید. آنالیز ژنتیکی رکوردهای روزآزمون نمره¬ی سلول¬های بدنی شیر با استفاده از روش تابعیت تصادفی و با کمک نرم افزار asreml انجام شد. به این منظور اثرات سن حیوان، تعداد روزهای شیردهی و اثر سال زایش بعنوان اثرات ثابت در نظر گرفته شدند همچنین اثر ژنتیکی حیوان، اثرمحیط دائمی حیوان و اثر گله-تاریخ رکورد گیری بعنوان اثرات تصادفی لحاظ شدند. وراثت پذیری برآورد شده صفت نمره¬ی سلول¬های بدنی شیر برای سه دوره شیردهی اول تا سوم بر مبنای تعداد روزهای شیردهی به ترتیب 07/0، 07/0 و 08/0 برآورد گردید ، این مقادیر برمبنای سطوح مختلف تولید شیر به 03/0، 02/0 و 02/0 کاهش یافت. بر اساس این نتایج بررسی نمره¬ی سلول¬های بدنی شیر در روزهای مختلف شیردهی بدلیل وراثت¬پذیری بالاتر کارایی بیشتری نسبت به بررسی این صفت در سطوح مختلف تولید شیر دارد. همبستگی ژنتیکی نمره¬ی سلول¬های بدنی در ماه¬های مختلف شیردهی در دامنه¬ی 99/0+ تا 98/0- برآورد گردید که بیشترین همبستگی بین ماههای مجاور هم و در یک سوم میانی دوره شیردهی مشاهده شد، همچنین همبستگی ژنتیکی بین سطوح مختلف شیردهی در دامنه¬ی 99/0+ تا 81/0- برآورد گردید و مشخص شد که با افزایش فاصله¬ی بین سطوح مختلف شیردهی از همبستگی ژنتیکی آنها کاسته می¬شود. مقایسه نتایج حاصل از آنالیز ژنتیکی نمره¬ی سلول¬های بدنی در روزهای مختلف شیردهی و سطوح مختلف تولید شیر نشان می¬دهد که تغییرات ژنتیکی شمار سلول¬های بدنی شیر تنها تابع میزان تولید شیر نمی¬باشد بلکه متاثر از تعداد روزهای شیردهی نیز می¬باشد. بنابراین به ¬منطور افزایش دقت بهتر است به هر دوی این موارد توجه شود.

از آنجا که چند شکلی تک نوکلئوتیدی (snp) مسئول 90 درصد تفاوت در بین گونه ها است، امروزه به میزان زیادی جهت بررسی تنوع زیستی در حیوانات استفاده می شود. به علت اینکهsnp ها دارای تنوع محدودی هستند بیشتر از هاپلوتیپ جهت بررسی این گونه تنوع ها استفاده می گردد. تعیین هاپلوتیپ در آزمایشگاه بسیار هزینه بر است، بنابراین در بیشتر موارد با استفاده از داده های ژنوتیپ، هاپلوتیپ را استنباط می کنند. الگوریتم های متعددی برای استنباط هاپلوتیپ وجود دارد. هدف از انجام این تحقیق بررسی دقت و سرعت الگوریتم های موجود با توجه به تعداد افراد، تعداد snp ها، میزان هتروزیگوسیته و نرخ نوترکیبی بود. برای این منظور یک جمعیت شبیه سازی شد و نمونه هایی از آن به صورت تصادفی گرفته شد. این داده ها از لحاظ تعداد افراد، تراکم snp و نرخ نوترکیبی متفاوت بودند. سپس این داده ها توسط نرم افزاری که طراحی شده بود به فرمت ورودی نرم افزارهایی که از این الگوریتم ها جهت استنباط هاپلوتیپ استفاده می کنند تبدیل شده و در نهایت عملکرد و سرعت الگوریتم ها توسط چندین معیار مورد بررسی قرار گرفت. در این بررسی مشخص شد که الگوریتم نرم افزار2snp بالاترین سرعت و نرم افزار های phase و shapeit بالا ترین دقت را دارند گرچه سرعت استنباط با نرم افزار phase در صورتی که تعداد snp و هاپلوتیپ افزایش یابد کاهش می یابد ولی سرعت shapeit کاهش محسوسی ندارد و دقت آن تقریباً برابر phase است. نرم افزار های gerbil و haplotyper با توجه به سرعت انجام محاسبات نسبت به دیگر الگوریتم ها در همان زمان اجرا بالاترین دقت را دارند. با افزایش تعداد افراد دقت تمامی الگوریتم ها افزایش یافته و همچنین تفاوت دقت استنباط بین جایگاه های با هتروزیگوسیته بالا و پایین کاهش می یابد.