با توجه به مصرف بسیار بالای آب در اراضی شالیزاری، لزوم بررسی دقیق چگونگی ارائه و مدیریت آب دراین گونه اراضی از اهمیت ویژه ای برخوردار است. یکی از اجزای بیلان آب که در زمین های شالیزاری از نظر میزان کاربرد آب اهمیت زیادی دارد، نفوذ عمقی آب است. هر اندازه نفوذ آب به خاک دقیق تر تخمین زده شود، تعیین نیاز آبی گیاه بهتر ارزیابی می شود و طراحی سیستم های آبیاری و زهکشی و تأسیسات مربوط به آن در جهت کاهش تلفات آب را می توان به خوبی انجام داد. با توجه به این که در کشور ما احداث سیستم های زهکشی زیرزمینی در اراضی شالیزاری در ابتدای مرحله طراحی خود می باشد، هنوز تحقیق جامعی در خصوص تغییرات پارامترهای بیلان آبی در اراضی شالیزاری با این سیستم ها صورت نگرفته است. در این تحقیق به بررسی تأثیر زهکش های زیرزمینی لوله ای با فواصل 30 و 15 متر و در اعماق 0.9 و 0.65 متر و زهکشی میان فصل بر میزان نفوذ عمقی آب در طی فصل کشت برنج با استفاده از روش لایسیمترهای ته باز و ته بسته پرداخته شد. نتایج نشان داد که زهکش دو عمقی با 163.8 میلی متر بیش ترین تأثیر و زهکش سطحی با 120.5 میلی متر کمترین تاثیر را بر میزان نفوذ عمقی دارد. بررسی نتایج نشان داد که با کاهش فاصله و افزایش عمق زهکش ها بر میزان نفوذ آب افزوده گردید. همچنین زهکشی میان فصل نیز تاثیر مثبتی بر نفوذ عمقی آب داشت به طوری که بعد از این دوره، در تمامی تیمارها مقدار نفوذ عمقی آب افزایش یافت. همچنین تیمار با زهکش دو عمقی با میانگین 0.60 میلی متر بیشترین و تیمار با زهکش سطحی با میانگین 0.37 میلی متر کمترین میزان نفوذ عمقی را در بین تمامی تیمارها داشتند.