در بین واحدهای پالایشگاهی واحد هیدروکراکینگ بدلیل وجود راکتوری که با فشار بسیار بالا (حدود kg??cm?^2 200) کار می¬کند از نظر امنیتی و بدلیل افزایش درخواست محصولات این واحد از نظر اقتصادی حائز اهمیت است. در این واحد یک از برش¬های برج¬ خلا و هیدروژن، خوراک ورودی و گاز، نفتا، نفت سفید و گازوئیل محصولات هستند. وجود هیدروژن با قیمت ارزان در سالهای اخیر و به مقدار زیاد به عنوان فرآورده¬ی جانبی عملیات رفرمینگ (تبدیل) کاتالیستی و وجود محصولات متنوع با آلودگی و سولفور پایین بر اهمیت آن افزوده است. واحد 600 پالایشگاه شیراز، واحد هیدروکراکینگ است که از دو قسمت واکنش و تفکیک تشکیل شده است. بخش اول شامل راکتور با واکنش¬های گرمازاست که در حضور کاتالیست بر پایه آلومینا و سیلیس انجام می¬شوند. گازهای هیدروژن خروجی از جداسازهای فشار بالا و فشار پایین بعد از راکتور، بعنوان گاز برگشتی و باقیمانده برج جداساز در قسمت تفکیک بعنوان مایع برگشتی به راکتور باز می¬گردند. در این تحقیق، این واحد ابتدا بصورت پایا شبیه¬سازی شده سپس با استفاده از کنترل¬کننده¬های مناسب بصورت دینامیک شبیه¬سازی شده است. لازم بذکر است که شبیه¬سازی هر قسمت بطور جداگانه صورت گرفته است. پس از شبیه¬سازی دینامیکی هر قسمت بطور جداگانه، هر دو قسمت با استفاده از نرم-افزار simulink @ matlab، بهم متصل شده و واحد آیزوماکس پالایشگاه شیراز را تشکیل می¬دهند. نتایج شبیه¬سازی همخوانی خوبی با واحد در حال کار دارد .این شبیه¬سازی بصورتی که دو قسمت واحد با نرم¬افزار simulink متصل گردد، برای اولین بار در دانشگاه سیستان¬و¬بلوچستان صورت گرفته و بدلیل دینامیک بودن، می¬تواند بعنوان ابزاری برای سایر مطالعات و بررسی¬ها روی واحد مربوطه بکارگرفته شود. خطای شبیه¬سازی بین 3% در پارامتر فشار و حدود 12% در پارامترهای دما و دبی متغیر است.