یکی از وجوه اعجاز قرآن کریم، پیوستگی محتوایی آن در هر سوره است؛ که با نام وحدت موضوعی شناخته می شود. براساس نظریه وحدت موضوعی سور آیات یک سوره با وجود پراکندگی در نزول اما به سوی یک غرض حرکت می کنند. این ویژگی قرآن یعنی ساختاری بودن سور قرآن کریم در قرون اخیر مورد توجه خاص برخی مفسران وقرآن پژوهان قرار گرفته، و ایشان تلاش خود را برای به وصول غرض سور به کار گرفته اند. در نظریه ساختاری بودن قرآن کریم توجه به تناسب و سیاق آیات، اساس آن را شکل می دهد، در سایه تناسب و سیاق آیات ارتباطات موجود بین آیات سوره شناسایی می گردد و غرض سوره کشف می شود. برای وصول به غرض سوره مبارکه غافر در سایه سیاق، آیات آن در سه فصل پیگیری می شود ، فصل اول در مورد مباحثی از قبیل: نهی کافران از مجادله با آیات الهی، تشویق مومنان به مقاومت در برابر مجادله کنندگان، حمایت پروردگار از رسولان و تشویق ایشان به صبر و توکل مطرح می گردد. در دومین فصل ، دعوت به پرستش خالصانه پروردگار و استکبار به عنوان علت اصلی مجادله کافران در آیات الهی مطرح می شود، فصل سوم به تهدید و انذار مجادله کنندگان مشرکی که به قدرت و ثروت و علم خود مغرور شده می پردازد و این ابزار های آن ها را در دفع عذاب الهی بی ثمر می داند. در نهایت با توجه به ساختار سوره و توجه به سیاق آیات" مقابله با پدیده شوم مجادله با آیات الهی" به عنوان غرض کلی سوره بیان می گردد.