انار (punica granatum l.) گیاهی بومی ایران می باشد که از دوران باستان برای مصارف اقتصادی، زینتی و دارویی در دنیا کشت شده است. به رغم اینکه انار از مهمترین محصولات صادراتی ایران به شمار می رود، اما هیچگونه روش دقیقی برای تعیین اصالت ژنتیکی و حفظ ذخایر توارثی گران‏بهای آن در کشور وجود ندارد. در پژوهش حاضر برای بررسی روابط ژنتیکی 47 ژنوتیپ انار، شامل 9 ژنوتیپ زراعی و 38 ژنوتیپ وحشی که از مناطق مختلف استان مازندران، گیلان و گلستان گرد آوری شده بود از نشانگر aflp استفاده گردید. با استفاده از 10 ترکیب آغازگری تعداد 825 نوار (باند) بدست آمد، که تعداد 697 نوار چند شکلی نشان دادند. از بین آغازگرهای مورد استفاده، ترکیب آغازگری e-acg , m-ctt با 148 نوار بیشترین تعداد نوار و ترکیب آغازگری e-acc , m-ctgبا 40 نوار کمترین تعداد نوار را تولید کردند. مقدار متوسط محتوای اطلاعات چند شکلی (pic) برای تمامی آغازگرها برابر با 21/0 بدست آمد. بر اساس تجزیه مولفه های اصلی، سه مولفه اول در مجموع 57% واریانس کل را توجیه کردند. متوسط شاخص نشانگر (mi) برابر 33/17می‏باشد که بیشترین آن مربوط به ترکیب آغازگری m-cac و e-aag می‏باشد براساس دندوگرام مربوط به داده‏های حاصل از نشانگر aflp نمونه‏ها در 5 گروه مجزا قرار گرفتند. تنوع درون گروهی 47 ژنوتیپ با 85% از کل واریانس درون جمعیتی، نشان‏دهنده ناهمگنی و تنوع بالای بین نمونه‏ها می‏باشد، در گروه‏بندی ناحیه‏ای واریانس بین گروه‏ها 15% تنوع کلی را بیان می‏کند که این نشان‏دهنده همگنی بین سه ناحیه گلستان، مازندران، گیلان و ارقام زراعی است. کمترین و بیشترین تنوع درون گروهی مربوط به ارقام زراعی و ارقام وحشی مازندران به ترتیب با واریانس 16% و 36% از کل واریانس درون جمعیتی را داراست، می‏باشد. میانگین نمونه‏های مورد آزمون 54/0 بود که به وضوح نشان دهنده تنوع ژنتیکی بین نمونه‏های وحشی است